4. Stasiun Lempuyangan
Stasiun ini didirikan pada tanggal 2 Maret 1872 dan melayani pemberhentian hampir semua kereta api ekonomi yang melintasi Yogyakarta. Beberapa Kereta Api yang berhenti di Stasiun Lempuyangan seperti KA Pasundan, KA Joglosemarkerto, KA Bengawan, KA Gajahwong, KA Bogowonto, KA Kahuripan, dan sekarang juga menjadi salah satu stasiun pemberhentian KRL lintas Yogya-Solo.
5. Stasiun Kedungjati
Stasiun Kedungjati diresmikan pada bulan 21 Mei 1873. Arsitektur stasiun ini serupa dengan Stasiun Willem I di Ambarawa, bahkan dulu beroperasi jalur kereta api dari Kedungjati ke Stasiun Ambarawa yang sudah tidak beroperasi pada tahun 1976.
Sebelum KA kalijaga berhenti beroprasi, Stasiun Kedungjati juga menjadi salah satu stasiun pemberhentiannya untuk menuju ke stasiun semarang poncol maupun sebaliknya.
6. Stasiun Purwosari
Stasiun Purwosari ini melayani pemberhentian semua kereta api ekonomi yang melintasi solo. Contohnya seperti: KA Bengawan, KA Gaya Baru Malam (GBM), KA Sri Tanjung, KA Kahuripan, KA Pasundan, dan masih banyak lagi.
7. Stasiun Tugu Yogyakarta