- Beberapa bukti menunjukkan keterlibatan elemen tertentu dalam militer yang mendukung atau setidaknya mengetahui rencana kudeta (Roosa, John. *Pretext for Mass Murder: The September 30th Movement and Suharto's Coup D'tat in Indonesia*. University of Wisconsin Press, 2006).
  - Keterlibatan ini sering kali tidak diungkap secara jelas dalam narasi resmi pemerintah.
2. Proses Pengadilan:
  - Pengadilan terhadap anggota PKI dan simpatisan mereka seringkali tidak transparan dan tidak adil. Banyak terdakwa yang dihukum tanpa bukti yang cukup dan tanpa proses hukum yang layak (Cribb, Robert, ed. *The Indonesian Killings of 1965-1966: Studies from Java and Bali*. Clayton, Victoria: Monash Asia Institute, 1990).
3. Pembantaian Massal:
  - Setelah peristiwa G30S/PKI, Indonesia mengalami salah satu pembantaian massal terbesar dalam sejarah modern, di mana ratusan ribu hingga mungkin jutaan orang yang dituduh terkait dengan PKI dibunuh (Melvin, Jess. *The Army and the Indonesian Genocide: Mechanics of Mass Murder*. Routledge, 2018).
  - Pembantaian ini dilakukan dengan persetujuan atau bahkan dukungan dari pemerintah dan militer, namun banyak detailnya yang masih tersembunyi hingga kini.
Kejanggalan Kebijakan dan Tindakan Soeharto
Selain tuduhan terhadap PKI, ada beberapa kejanggalan lain dalam kebijakan dan tindakan Soeharto selama masa jabatannya:
1. Sentralisasi Kekuasaan:
  - Soeharto menciptakan sistem kekuasaan yang sangat terpusat, dengan mengandalkan militer dan birokrasi untuk mengendalikan berbagai aspek kehidupan politik dan sosial (Crouch, Harold. *The Army and Politics in Indonesia*. Cornell University Press, 1978).