Sitoplasma atau plasma sel, meliputi isi sel, kecuali nukleus (inti sel). Sitoplasma tersusun atas cairan dan padatan. Padatan sitoplasma terdiri atas organel-organel. Organel adalah bagian sel yang memiliki fungsi khusus, misalnya ribosom, mitokondria, dan kompleks Golgi. Cairan sitoplasma disebut sitosol. Sitosol tersusun atas air, protein, asam amino, vitamin, nukleotida, asam lemak, gula, dan ion-ion. Sitosol disebut juga sebagai matriks sitoplasma
c. Nukleus
inti sel atau nukleus merupakan organel terbesar yang berada dalam sel, memiliki diameter sekitar 10 mikrometer. Nukleus biasanya terletak di tengah sel dan berbentuk bulat atau oval. Setiap sel memiliki satu inti, kecuali beberapa organisme yang berinti dua (dikariotik), misalnya Paramecium. Ada juga organisme berinti banyak (polikariotik), misalnya jamur. Di dalam inti sel terdapat matriks yang disebut nukleoplasma, nukleus, RNA, dan kromosom. Kromosom tersusun atas protein dan DNA. DNA berfungsi untuk menyampaikan informasi genetik dan sintesis protein. RNA berfungsi untuk sintesis protein. DNA memiliki kepanjangan deoxyribonucleic acid yaitu asam deoksiribonuklea, dan RNA memiliki kepanjangan ribonucleic acid atau asam ribonukleat
d. Sentriol
Sentriol merupakan organel yang dapat dilihat ketika sel mengadakan pembelahan. Pada fase tertentu dalam daur hidupnya sentriol memiliki silia atau flagela. Sentriol hanya dijumpai pada sel hewan, sedangkan pada sel tumbuhan tidak . Sentriol berjumlah sepasang, terletak saling tegak lurus antar sesamanya di dekat nukleus. Pada saat pembelahan mitosis, sentriol terbagi menjadi dua, masing-masing menuju ke kutub sel yang berbeda. Kemudian terbentuklah benang-benang spindel yang menghubungkan kedua kutub tersebut. Benang spindel berfungsi menarik kromosom menuju ke kutub masing-masing.
e. Retikulum Endoplasma
Retikulum berasal dari kata reticular yang berarti anyaman benang atau jala. Oleh karena letaknya memusat pada bagian dalam sitoplasma (endoplasma) maka disebut sebagai retikulum endoplasma (disingkat RE). Retikulum endoplasma hanya dijumpai di dalam sel eukariotik, baik sel hewan maupun sel tumbuhan. Sel-sel kelenjar mengandung lebih banyak retikulum endoplasma dibandingkan dengan sel bukan kelenjar.
RE dibedakan berdasarkan ada tidaknya ribosom pada membrannya, menjadi RE kasar dan RE halus. RE kasar, yaitu jika membran RE yang berhadapan dengan sitoplasma ditempeli ribosom, sehingga tampak berbintil-bintil. RE halus, yaitu RE yang tidak ditempeli ribosom. Karena ribosom merupakan tempat sintesis protein, RE kasar merupakan penampung protein yang dihasilkan. Protein yang dihasilkan masuk ke lumen (terowongan) RE.
f. Ribosom
Ribosom tersusun atas RNA-ribosom (RNA-r) dan protein. Ribosom tidak memiliki membran. Menurut bentuknya, ribosom terdiri dari unit besar dan unit kecil yang masing-masing berbentuk bulat. Jika keduanya bergabung, maka akan terbentuk ribosom yang berbentuk seperti angka delapan.
g. Kompleks Golgi
