Namun sebaliknya Khruschev mengatakan bahwa penarikan missile dari Kuba ini adalah hasil dari debate internal antara Khruschev dan politbiro Soviet yang pada akhirnya setuju untuk menarik missile-missile Soviet dari Kuba. Penarikan missile-missile Soviet dari Kuba tersebut,Â
juga dilakukan guna menjaga stabilitas perdamaian di dunia, serta mencegah pecahnya konflik yang jauh lebih besar yang akan menyebabkan meletusnya Perang Dunia Ketiga atau Perang Nuklir sekalipun.
Missile-missile Soviet pun ditarik dari Kuba dan Amerika Serikat juga memberhentikan blokade pada perairan di Karibia yang juga akses menuju peairan Kuba. Sedangkan Missile-Missile Amerika pun juga ditarik dari Turkey dan Italy seperti yang sudah dijadwalkan oleh Kennedy, yaitu pada Bulan April tahun 1963 atau enam bulan pasca Krisis Missile Kuba.
Sayangnya walaupun negosiasi antara Presiden Amerika Serikat John F. Kennedy dan Pemimpin Uni Soviet Nikita Khruschev pada akhirnya membuahkan hasil dan berhasil menghindari konflik terbuka antara Amerika Serikat dan Uni Soviet yang akan menuntun pada konflik lebih besar,Â
keberhasilan dari negosiasi tersebut sepertinya tidak disambut baik oleh pihak militer. Pihak Militer menganggap bahwa Presiden Kennedy sepertinya justru tunduk pada akhirnya akan tuntutan Uni Soviet yang juga mendesaknya untuk menarik missile-missile Jupiter Amerika Serikat dari Turkey dan justru terlihat jika Amerika seakan kalah di mata dunia.Â
Salah satu petinggi militer yang menyayangkan keputusan Kennedy yang akhirnya setuju untuk menarik missile Jupiter Amerika dari Turkey dan Italy adalah Kepala Staff Angkatan Udara Amerika Serikat Jenderal Curtis LeMay yang memang dari awal krisis sudah sangat vokal akan invasi Amerika Serikat terhadap Kuba dan terus mendorong Presiden Kennedy untuk melakukan serangan udara terhadap Kuba dan juga instalasi missile Soviet di Kuba.Â
Jenderal LeMay bahkan terang-terangan mengatakan bahwa keputusan Presiden Kennedy yang mengakhiri Krisis Missile Kuba, justru merupakan "Kekalahan Militer Terbesar dalam sejarah Amerika Serikat." Bahkan 25 tahun setelah Krisis Missile Kuba, LeMay masih bersikukuh dan percaya jika instalasi missile Soviet di Kuba dapat disapu habis dengan kekuatan armada pesawat-pesawat Angkatan Udara Amerika Serikat, sehingga membuat pihak Soviet dan Kuba menyerah.
Pada 13 hari dalam bulan Oktober tahun 1962, terhitung sejak hari Selasa 16 Oktober 1962 hingga hari Minggu 28 Oktober 1962 ketegangan antara dua negara adidaya pada saat itu Amerika Serikat dan Uni Soviet mencapai puncak tertinggi dalam sejarah hingga hari ini.Â