Cuban Blockade
Lantas Menteri Pertahanan McNamara pun memberi usulan agar missile Soviet tidak sampai ke Kuba, yaitu dengan memblokade perairan jalur masuk menuju perairan Kuba dan melarang kapal-kapal untuk masuk ke perairan Kuba, selagi negosiasi dengan Uni Soviet berjalan.Â
Usulan McNamara tersebut disetujui oleh Kennedy dan mengerahkan Kepala Staff Angkatan Laut Amerika Serikat pada waktu itu, Laksamana George W. Anderson, untuk mengerahkan kapal-kapal Angkatan Laut Amerika Serikat untuk dikerahkan ke perairan Karibia guna menghalau kapal-kapal Uni Soviet.
Tidak lama kemudian kapal-kapal Angkatan Laut Amerika Serikat pun dikerahkan menuju perairan Karibia dan menghalau seluruh kapal Uni Soviet yang akan memasuki perairan Kuba. Namun kapal-kapal Angkatan Laut Amerika Serikat tidak diberikan perintah dan dilarang keras untuk menyerang Kapal-Kapal Uni Soviet bagaimanapun itu.Â
Mereka hanya diperbolehkan memberi peringatan dan apapun tindakan yang berbentuk seperti serangan terhadap kapal-kapal Uni Soviet, hanya boleh dilakukan atas persetujuan dari Presiden Kennedy.
Usulan tersebut rupanya tidak disambut baik oleh Laksamana Anderson selaku Kepala Staff Angkatan Laut. Menurut Laksamana Anderson, diperlukan tindakan yang sangat tegas guna menghalau Kapal-Kapal Uni Soviet untuk masuk dari perairan Kuba.Â
Salah satu tindakan yang dimaksud Laksamana Anderson adalah memberi peringatan berupa tembakan langsung menuju Kapal Uni Soviet yang hendak masuk perairan Kuba, walupun bukan menembak hulu kapal, melainkan sekedar peringatan tembakan ke udara atau menembak mesin kapal jika tidak mendapat respond. Tetapi tindakan tersebut sangat ditentang baik oleh McNamara maupun Presiden Kennedy.
Tidak heran hubungan dan komunikasi antara Menteri Pertahanan McNamara dan Kepala Staff Angkatan Laut Laksamana Anderson tidak-lah harmonis ketika Krisis Missile Kuba dan dalam mengorganisir blockade perairan Kuba. Bahkan pada moment tertentu, Laksamana Anderson berani mengusir Menhan McNamara dari "Navy Flag Plot" atau ruang opeasional Angkatan Laut Pentagon ketika McNamara hendak melihat bagaimana progress dari blockade perairan Kuba.
 Laksamana Anderson bahkan mecemoh McNamara dengan mengatakan bahwa McNamara tidak tahu apa-apa mengenai blockade Angkatan Laut sedangkan Angkatan Laut sudah berpengalaman mengenai blockade perairan dari sejak era Perang Kemerdekaan Amerika Serikat, sehingga membuat McNamara berang dan bahkan nyaris menimbulkan pertikaian antara Laksamana Anderson dan McNamara.