Peringkat pertama di babak grup langsung promosi ke Liga 1 da masuk ke babak final. Di babak final, 3 tim ditandingkan dengan sistem single match untuk penentuan juara.Â
3. Terdapat 3 Tim Peringkat Bawah Akan Degradasi
Usai 1 tim di setiap grup yang finis diperingat pertama promosi ke Liga 1, ada juga tim yang harus degradasi ke Liga 3 Nasional namun dengan jumlah tim yang banyak.Â
Setiap 3 tim yang berada di dasar klasemen pada masing-masing grup otomatis degradasi ke Liga 3 Nasional. Jadi jika dihitung-hitung ada 3 tim yang promosi ke Liga 1 dan ada 9 tim yang akan degradasi ke Liga 3 Nasional.Â
4. Kuota 3 Pemain Asing
Pada kuota pemain asing terus mengalami perubahan di setiap musimnya, kini setiap tim diijinkan menggunakan 3 pemain asing yakni 2 pemain asing bebas dan 1 pemain asing Asia.Â
Hal ini menuai pro dan kontra, namun PT LIB sudah membunyikan palu artinya sudah sah dan tim diijinkan menggunakan jasa pemain asing maksimal 3 dan itupun sesuai dengan anggaran yang dimiliki. Jika berkaca pada musim lalu, salah satu tim asal Papua, Persewar Waropen musim lalu tak menggunakan jasa pemain asing dan lebih mengandalkan kuota pemain lokal, walaupun sudah diijinkan menggunakan jasa 2 pemain asing dan hal itu tak melanggar aturan PT LIB.Â
5. Wajib Memainkan 2 Pemain U-21
Setiap tim yang berkompetisi di Liga 2 2024/2025 wajib memasang 2 pemain lokal U-21 dan bermain selama 45 menit di setiap laganya.Â
Penggunaan pemain muda masih sama seperti musim lalu, namun pada musim setiap tim diwajibkan memasang 1 pemain U-21 dan bermain selama 45 menit, namun musim 2024/2025 PT LIB menambah lagi 1 pemain U-21 dan wajib dimainkan selama 45 menit.Â