Keanehan yang terjadi pada Lee Sung Yeon- menganggap dirinya yang diculik dan adiknya meninggalkannya di dekat bangunan kosong- diakibatkan oleh depresi dan rasa bersalah yang memuncak.
Hingga usia dewasa, Lee Yong Jun dan Lee Sung Yeon tak pernah akur, akibat kebohongan di masa kecil yang dibiarkan oleh orang tua hingga mereka dewasa.
Kim Mi So, mulai mendengar kabar tentang kakaknya Lee Yong Jun yang pernah diculik. Dia sangat penasaran. Hingga pada suatu obrolan mereka pun berbagi pengalaman. Kedekatan diantara mereka mulai terjalin. Kim Mi So - Â yang antusias mencari sosok pria di masa kecilnya - sangat senang menemukan Lee Sung Yeon. Terlebih, saat dia mengetahui bahwa Lee Sung Yeon adalah sosok Novelis terkenal yang menjadi favoritnya.
Kedekatan Kim Mi So dengan Lee Sung Yeon membuat api cemburu dalam hati Lee Yong Jun kian membesar. Dia berencana untuk lebih mempadatkan jadwal kebersamaan mereka larut dalam pekerjaan kantor. Ternyata, trik ini sedikit mujarab juga untuk "menjauhkan" Kim Mi So dengan kakaknya - Lee Sung Yeon.
Kebenaran akan selalu mengalahkan kebohongan. Begitu juga dengan kisah misteri penculikan yang menimpa sisi psikologis Kim Mi So, Lee Yong Jun, dan Lee Sung Yeon. Sekretaris Kim - dalam suatu acara peresmian produk perusahaan - melihat sosok perempuan dalam adegan akrobatis sangat mirip dengan penculik psikopat di masa kecilnya. Dia mulai mengingat adegan demi adegan secara utuh pada saat dirinya disekap. Hingga akhirnya, memori otak tak kuat menahan adegan pahit tersebut menyebabkan Kim Mi So Pingsan.
Selama menemani Kim Mi So dirawat di rumah sakit, Lee Yong Jun mengakui semua kebenaran pahit tentang penculikan di masa kecil yang menimpa dirinya. Di Sisi lain, Lee Sung Yeon menerima kebenaran dari obrolan ibunya di rumah. Dia benar-benar kecewa, dan ingin menanyakan langsung tentang tragedi penculikan itu pada adiknya.
Singkat cerita, dengan saling terbuka, akhirnya Kim Mi So mengetahui yang sebenarnya. Hubungan mereka semakin dekat dan hangat. Hingga mereka memutuskan untuk menikah.
Orang tua Lee Yong Jun dan Lee Sung Yeon, akhirnya meminta maaf kepada kedua anaknya. Mereka mengaku bersalah telah menutupi kebenaran yang seharusnya diungkapkan dan tetap dipertahankan.
Sebagai kesimpulan setelah nonton film What's Wrong with Secretary Kim, kebenaran dan kejujuran merupakan kunci hubungan baik dalam keluarga. Begitu juga dengan saya dan istri, mengambil hikmah yang berfaedah dari film ini. Kami memutuskan untuk saling menyayangi satu sama lain. Segala jenis rahasia di masa lalu yang sifatnya prisnsip dan perlu disampaikan akhirnya kami obrolkan berdua.
Saya dengan mesra menyampaikan ucapan terima kasih kepada istri tercinta atas segala pengabdian dan kasih sayangnya. Sangat kentara, ketika istri dalam kondisi sakit, saya bagaikan kehilangan separuh napas. Makan tak enak, tidur tak enak, begitu juga dengan aktivitas lainnya.
Kami komitmen akan membagi tugas dan tanggung jawab sebagai suami-istri; sebagai orang tua; dengan porsi yang seharusnya dengan dilandasi kejujuran sebagai fondasi.