Pemberontakan Muslim pertama Yunnan secara terorganisir dipemimpin oleh etnis Hui, Â kemudian dikenal dengan pemberontakan Panthay. Pemberontakan terjadi pada masa Perang Candu kedua, tepatnya pada tahun 1850 hingga 1873 Â sebagai konflik etnis Hui-Han serta pemeritah Qing dikarenakan dampak ekonomi dari adanya perang Candu dan salah satu bagian dari pemberontakan anti-Qing yang dilakukan oleh seluruh kalangan masyarakat Cina.
Mengapa disebut Pemberontakan Panthay ?
Mulanya istilah panthay tidak dikenal oleh sebagian muslim Yunnan. Istilah tersebut dipopulerkan oleh Negara Barat dalam menyebut muslim Cina. Pada pertengahan ada ke-19 orang inggris saat pertama kali bertemu dengan muslim Yunnan di Burma sehingga dimungkinkan adanya kesalahan penyebutan.
Mengacu pada tulisan Moshe Yegar dalam artikel yang dimuat oleh Jstor dengan judul "The Panthay (Chinese Muslims) of Burma and Yunnan" ditulis bahwa kata "Panthay" sendiri berasal dari Bahasa Burma dalam menyebut seorang muslim yang berasal dari kata "Pathi" atau "Puthee", hal yang sama disampaikan pula oleh David G. Atwill dalam tulisannya "Blinkered Visions : Islamic Identity, Hui Ethhnicity, and the Panthay Rebellion in Southwest Cina, 1856- 1873".
Sedangkan Muslim di Cina (Panthay) menyebut diri mereka dengan sebutan "Hui-hui" atau "Hui-Tzu" istilah sederhana untuk menyebut muslim. Sama dengan pemberontakan lainnya yang terjadi di Cina, beberapa penamaan peristiwa dapat digunakan berdasarkan nama tempat terjadinya peristiwa tersebut,etnis atau kelompok. Seperti pemberontakan Boxer karena dilakukan oleh kelompok yang memiliki keahlian dalam bidang bela diri atau Boxer (Dalam penyebutan Barat).
Begitupun dengan  pemberontakan Panthay, istilah ini muncul karena pemberontakan dilakukan oleh kelompok muslim yang disebut juga dengan  Panthay. Karena kebanyakan dari kita yang mengikuti istilah Barat dalam penyebutan suatu peristiwa. Dapat juga dikatakan bahwa peristiwa ini disebut sebagai Pemberontakan Hui.
Kondisi ekonomi yang mengalami masa krisis sebagai dampak Perang Candu memberi masalah yang serius terhadap kondisi sosial masyarakat, sehingga timbul perselisihan yang menlatarbelakangi terjadinya pemberontakan , krisis yang terjadi berupa bencana alam dan kelaparan pada tahun 1840-1850an akibat para petani yang dipaksa meninggalkan tanahnya.
Selain itu karena adanya penggelapan dana bantuan kepada rakyat oleh pejabat negara, serta ganti rugi terhadap bangsa-bangsa Barat yang terdapat dalam perjanjian  dibebankan kepada rakyat. Akibatnya rakyat bertambah sensara.
Terdapat perbedaan pendapat yang dikemukakan oleh para peneliti mengenai Latar Belakang terjadinya pemberontakan, dimana Menurut Pamela Fox dalam thesisnya yang berjudul "Causes of Han-Hui Conflics in the 1800's in Yongchang, Western Yunnan" dikatakan bahwa pemberontakan ini merupakan salah satu bagian anti-Qing sebagai perjuangan dari hampir seluruh kalangan masyarakat Cina akibat kekalahannya dalam perang Candu.
Serta serangan yang meluas terhadap etnis Hui memicu terjadinya Pemberontakan Panthay. Pendapat lain mengatakan bahwa pemberontakan Panthay juga merupakan sebuah prinsip jihad (Holy war) seperti yang dikatakan oleh Raphael Israeli dan Kim Hodong, walaupun begitu pemimpin pemberontakan yaitu Du Wenxiu dan tokoh pemberontakan lainnya tidak menyebut bahwa itu adalah perang jihad.
Peristiwa pemberontakan secara kronologis dimulai dari kedatangan Islam di Cina hingga kehidupan yang ada di wilayah Yunnan sebagai lokasi pemberontakan hingga  konflik antara etnis Hui-Han dibantu campur tangan Pemerintah Qing. Berdasarkan artikel yang ditulis Moshe Yegar.Â
Persebaran agama islam telah sampai di negeri tirai bambu berkat adanya pengiriman tentara muslim Arab ke daerah Cina dalam menghadapi pertempuran pada masa Dinasti Tang yang disebut dengan Perang Dulu, khususnya terjadi di wilayah Yunnan pada tahun 801 M. Kemenangan Cina atas Arab membuat adanya penahanan terhadap 20 ribu tentara muslim.
Hal ini merupakan awal perkembangan muslim di Yunnan. Beberapa dari tentara muslim yang tinggal di Cina kemudian melakukan pernikahan dengan penduduk lokal sehingga komunitas muslim berkembang di Cina.
Peningkatan jumlah komunitas Muslim di Cina terjadi pada masa Dinasti Yuan (1271-1368) dengan adanya usaha untuk menaikan status muslim. Muslim Cina diperintahkan untuk mengikuti tentara yang melakukan perpindahan ke daerah Yunnan bahkan mereka juga diberikan kompensasi uang dan tanah.
Adanya pengakuan status politik yang istimewa kepada kaum muslim oleh kaisar. Namun, hal ini bukan sebatas kehormatan yang diberikan Dinasti Mongol kepada kaum muslim di Cina tetapi juga bagian dari strategi untuk mengkambinghitamkan kaum muslim dengan etnis Cina lainnya karena adanya kesenjangan sosial yang terjadi.
Masa Keemasan Islam di Cina terjadi pada masa Dinasti Ming dimana adanya kebebasan mengekspresikan agama individu dan adanya akulturasi budaya Islam dan Cina yang dihadirkan dengan penggunaan nama Cina oleh keum muslim dan penulisan al-Quran dalam Bahasa Cina Klasik.
Setelah memasuki masa Perang Candu,  kenyataan bahwa kondisi ekonomi masyarakat semakin memburuk sehingga terjadi peningkatan kemiskinan yang menyebabkan adanya perpindahan penduduk ke tempat lain. Ditambah dengan adanya tindakan korupsi oleh pejabat di kekaisaran pada 1800-an baik yang ada di pusat maupun di wilayah lokal menimbulkan adanya  tindak kejahatan yang dilakukan oleh etnis lain maupun pemerintah Qing menyebabkan terjadinya pemberontakan.
Seperti yang sudah penulis katakan pada paragraf sebelumnya bahwa pemberian status politik yang istimewa oleh Dinasti Mongol atau Dinasti Yuan kepada kaum muslim guna memupuk kebencian dari etnis non-Hui di Cina. Pada abad ke-18 terjadi peningkatan populasi etnis Han yang mayoritas memiliki taraf hidup rendah, beberapa dari mereka berusaha mencari daerah baru yang dapat meningkatkan kondisi ekonomi dan taraf hidup agar lebih baik, dari sinilah awal terjadinya konflik etnis di Yunnan dan awal dari usaha pemberontakan dilakukan.
Salah satu daerah yang mampu menarik banyak etnis Han untuk melakukan migrasi adalah Yunnan, sebagai wilayah tambang, memiliki tingkat kesuburan tanah dengan kekayaan mineral dan logam,serta kesejahteraan yang dirasakan etnsi Hui menjadi faktor penting kedatangan etnsi Han. Namun, Â sikap etnis Han yang menduduki wilayah Hui secara illegal yang mengambil pekerjaan penduduk setempat dan mengambil alih tambang produktif sehingga kedatangannya menimbulkan konflik terutama dengan etnis Hui yang saat itu mendiominasi wilayah Yunnan.
Posisi Pemerintah yang tidak netral dimana pemerintah Qing yang pada masa itu memerintah lebih memihak kepada etnis Han menambah perseteruan diantara Han-Hui. Konflik semakin menjadi saat terjadi penindasan dan pembantaian etnis Hui oleh etnis Han dan Pemerintah Qing yang didasari oleh faktor ekonomi dan kekuasaan. Hal ini menjadi faktor kuat dari adanya pemberontakan Panthay.
Menurut Albert Fuerwerker dalam artikel berjudul "Modern Cina" Peristiwa pembantaian pertama yang dilakukan kepada etnis Hui adalah pembantaian Kunming pada 1856 yang menjadi salah satu kekejaman, juga pembantaian Mianning tahun 1839.
Serta usaha Unifikasi Tiongkok oleh pemerintah Qing yang menyebabkan adanya penindasan terhadap orang-orang Hui sehingga menimbulkan adanya perlawanan, pada saat itu pemberontakan dilakukan dengan membunuh pengawas yang ada di distrik pertambangan pada 2 Oktober 1845 dan kemudian pemberontakan menyebar dengan cepat.
Perlawanan yang dilakukan oleh etnis Hui membuat adanya usaha untuk menghentikan perlawanan yang dilakukan oleh kelompok organisasi rahasia Han dibantu seorang gubernur jendral Manchu Shuxing'a yang membenci kelompok muslim, usaha yang dilakukan dengan cara membunuh orang-orang Hui selama tiga hari yang menyebabkan sekitar 4000-8000 orang Hui terbunuh.
Pembantaian ini dikenall dengan pembantaian Baoshan, hal ini merupakan salah satu usaha Han untuk merealisasikan sikap Anti-Hui hal ini terjadi sebagai akibat masa pemerintaha Yuan yang membuat adanya dominasi Hui yang terkesan ekslusif sehingga orang Han beranggapan bahwa orang Hui adalah suku penindas.
Peperangan yang terjadi antara kesultanan Pingnan Guo dengan pemerintah Qing berakhri pada 26 Desember 1872 dengan keberhasilan pemerintah Qing dalam mengepung kota Dali, ibuota Pingnan.
Pemberontakan Taiping menjadi salah satu factor dari usaha pengepungan wilayah yang dideteksi dapat melakukan pemberontakan terhadap pemerintah, termasuk Dali. Pada tahun 1873, Sultan Suleiman (Du Wenxiu) terbunuh dan setelahnya Qing melakukan pembantaian terhadap etnis Hui. Dengan terbunuhnya sultan Suleiman dan pembantaian yang terjadi maka berakhirlah kesultanan Pingnan Guo.
