Persebaran agama islam telah sampai di negeri tirai bambu berkat adanya pengiriman tentara muslim Arab ke daerah Cina dalam menghadapi pertempuran pada masa Dinasti Tang yang disebut dengan Perang Dulu, khususnya terjadi di wilayah Yunnan pada tahun 801 M. Kemenangan Cina atas Arab membuat adanya penahanan terhadap 20 ribu tentara muslim.
Hal ini merupakan awal perkembangan muslim di Yunnan. Beberapa dari tentara muslim yang tinggal di Cina kemudian melakukan pernikahan dengan penduduk lokal sehingga komunitas muslim berkembang di Cina.
Peningkatan jumlah komunitas Muslim di Cina terjadi pada masa Dinasti Yuan (1271-1368) dengan adanya usaha untuk menaikan status muslim. Muslim Cina diperintahkan untuk mengikuti tentara yang melakukan perpindahan ke daerah Yunnan bahkan mereka juga diberikan kompensasi uang dan tanah.
Adanya pengakuan status politik yang istimewa kepada kaum muslim oleh kaisar. Namun, hal ini bukan sebatas kehormatan yang diberikan Dinasti Mongol kepada kaum muslim di Cina tetapi juga bagian dari strategi untuk mengkambinghitamkan kaum muslim dengan etnis Cina lainnya karena adanya kesenjangan sosial yang terjadi.
Masa Keemasan Islam di Cina terjadi pada masa Dinasti Ming dimana adanya kebebasan mengekspresikan agama individu dan adanya akulturasi budaya Islam dan Cina yang dihadirkan dengan penggunaan nama Cina oleh keum muslim dan penulisan al-Quran dalam Bahasa Cina Klasik.
Setelah memasuki masa Perang Candu,  kenyataan bahwa kondisi ekonomi masyarakat semakin memburuk sehingga terjadi peningkatan kemiskinan yang menyebabkan adanya perpindahan penduduk ke tempat lain. Ditambah dengan adanya tindakan korupsi oleh pejabat di kekaisaran pada 1800-an baik yang ada di pusat maupun di wilayah lokal menimbulkan adanya  tindak kejahatan yang dilakukan oleh etnis lain maupun pemerintah Qing menyebabkan terjadinya pemberontakan.
Seperti yang sudah penulis katakan pada paragraf sebelumnya bahwa pemberian status politik yang istimewa oleh Dinasti Mongol atau Dinasti Yuan kepada kaum muslim guna memupuk kebencian dari etnis non-Hui di Cina. Pada abad ke-18 terjadi peningkatan populasi etnis Han yang mayoritas memiliki taraf hidup rendah, beberapa dari mereka berusaha mencari daerah baru yang dapat meningkatkan kondisi ekonomi dan taraf hidup agar lebih baik, dari sinilah awal terjadinya konflik etnis di Yunnan dan awal dari usaha pemberontakan dilakukan.
Salah satu daerah yang mampu menarik banyak etnis Han untuk melakukan migrasi adalah Yunnan, sebagai wilayah tambang, memiliki tingkat kesuburan tanah dengan kekayaan mineral dan logam,serta kesejahteraan yang dirasakan etnsi Hui menjadi faktor penting kedatangan etnsi Han. Namun, Â sikap etnis Han yang menduduki wilayah Hui secara illegal yang mengambil pekerjaan penduduk setempat dan mengambil alih tambang produktif sehingga kedatangannya menimbulkan konflik terutama dengan etnis Hui yang saat itu mendiominasi wilayah Yunnan.
Posisi Pemerintah yang tidak netral dimana pemerintah Qing yang pada masa itu memerintah lebih memihak kepada etnis Han menambah perseteruan diantara Han-Hui. Konflik semakin menjadi saat terjadi penindasan dan pembantaian etnis Hui oleh etnis Han dan Pemerintah Qing yang didasari oleh faktor ekonomi dan kekuasaan. Hal ini menjadi faktor kuat dari adanya pemberontakan Panthay.
Menurut Albert Fuerwerker dalam artikel berjudul "Modern Cina" Peristiwa pembantaian pertama yang dilakukan kepada etnis Hui adalah pembantaian Kunming pada 1856 yang menjadi salah satu kekejaman, juga pembantaian Mianning tahun 1839.
Serta usaha Unifikasi Tiongkok oleh pemerintah Qing yang menyebabkan adanya penindasan terhadap orang-orang Hui sehingga menimbulkan adanya perlawanan, pada saat itu pemberontakan dilakukan dengan membunuh pengawas yang ada di distrik pertambangan pada 2 Oktober 1845 dan kemudian pemberontakan menyebar dengan cepat.
