B.J Habibie (21 Mei 1998- 20 Oktober 1999)
Setelah mengundurkan diri pada 21 Mei 1998, tongkat kepemimpinan Presiden Soeharto dilanjutkan oleh B.J Habibie. Sosok dengan nama lengkap Bacharuddin Jusuf Habibie ini merupakan salah satu putra terbaik bangsa, dimana ia dijuluki sebagai " Bapak Teknologi Indonesia". Salah satu karya terbaik Habibie adalah peswat N-250 yang didesain sendiri oleh B.J Habibie.
Terkait gaya kepemimpinan, B.J Habibie termasuk pemimpin yang memiliki gaya transformasional, hal ini dibuktikan dengan karakterisitik habibie yang visoner dan responsif dalam perubahan. Selain itu kepemimpinan Habibie juga dikenal sebagai kepemimpinan yang demokratik, liberal, dan dedikatif-fasilitatif.
Namun B.J Habibie juga memiliki kelemahan dalam memimpin, salah satu kelemahan terbesar habibie adalah kemampuan pengambilan keputusan yang masih labil dan cendrung terburu-buru. Hal ini dapat dilihat ketika habibie memutuskan untuk melepaskan Timor-Timor.
K.H Abdurrahman Wahid/ Gus Dur (20 Oktober 1999- 23 Juli 2001)
K.H Abdurrahman Wahid atau yang lebih akrab disapa Gus Dur merupakan presiden Ke-4 Republik Indonesia. Ia dipilih oleh anggota MPR untuk menggantikan B.J Habibie. Gusdur dikenal sebagai bapak Pluralisme indonesia hal ini dicerminkan Gus Dur melalui tindakan nya yang mebela kaum minoritas. Gus Dur juga mencabut Inpres No.14/1967 yang berisi larangan terhadap ras Tionghoa untuk melakukan budaya tradisional mereka di wilayah Indonesia, hal ini makin menguatkan bahwa Gus Dur menjunjung tinggi paham pluralisme.
Gaya kepemimpinan Gus Dur dikenal sebagai gaya kepemimpinan yang karismatik-transformasional dengan karakterisktik kepemimpinan yang cerdas, agamis, humanis, ceplas-ceplos dan menjunjung tinggi pluralisme.
Megawati Soekarno Putri ( 23 Juli 2001- 20 Oktober 2004)
Megawati Soekarno Putri, ya dari namanya saja sudah bisa ditebak bahwa beliau merupakan anak dari Presiden pertama indonesia Ir.Soekarno. Anak kedua dari Soekarno ini dipilih untuk menggantikan Gus Dur melalui rapat isitimewa Majelis Permusyawaratan Rakyat dan dilantik pada 23 Juli 2001. Pelantikan Megawati sebagai presiden sekaligus menjadi sejarah bagi Indonesia karena untuk pertama kalinya negeri ini dipimpin oleh seorang wanita.
Berbeda dengan sang ayah Soekarno, Megawati dikenal sebagai pemimpin yang tidak kharismatik dan gaya kepemimpinan yang ia anut ialah gaya kepemimpinan anti kekerasan. Dengan gaya kepemimpinan nya ini Megawati berhasil membawa beberapa perubahan seperti menginiasiasi pembentukan KPK (Komisi Pemberantasan Korupsi, melakukan pembangunan Jembatan Surabaya-Madura (Suramadu), dan ia juga merupakan sosok penting yang menyelamatkan indonesia dari krisis moneter pada saat itu.
Namun kepemimpinan Megawati bukan tanpa kelemahan ia dianggap memiliki karakterisitik yang alergi terhadap kritik, emosional, lebih banyak mengeluarkan uneg-uneg dibandingkan solusi dan tertutup.