Kondisi kerukunan antarumat beragama di Tanah Air, selama 5 tahun selama dijabat Maftuh, memperlihatkan situasi yang jauh lebih kondusif dan lebih baik.
Konflik antarumat beragama terkait pendirian tempat ibadah beberapa tahun terakhir, jauh berkurang, berkat lahirnya Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri Nomor 9/2006 dan Nomor 8/2006 tanggal 21 Maret 2006.
Penyelenggaraan ibadah haji yang selama ini banyak mendapat sorotan masyarakat, merupakan program prioritas yang dibenahi Menag Muhammad Maftuh Basyuni.
Berbagai kebijakan strategis dan program terobosan dilakukan dengan tangan dingin dan mengutamakan kepentingan jemaah haji. UIN Jakarta menganugerahkan gelar doktor kehormatan kepada Menag Muhammad Maftuh Basyuni, karena dinilai berhasil mengembangkan paradima baru menuju pelaksanaan ibadah haji yang profesional, transparan, akuntabel dan berorientasi pada kepentingan jemaah haji. Isu sensitif ini berhasil dibenahi secara serius dan menyeluruh. Mulai dari proses pendaftaran calon jamaah haji di Tanah Air, hingga kepulangan dari Tanah Suci.
Untuk itu, Maftuh Basyuni kerap kali harus berada dalam posisi berseberangan dan tidak populer, karena harus berhadapan dengan berbagai pihak yang selama ini menikmati situasi dan kondisi lama. Baik di parlemen, para penyelenggara ibadah haji, rekanan, muassasah ataupun dari kalangan pers. Akan tetapi mantan Dubes di Arab Saudi ini nampaknya memiliki komitmen untuk maju terus pantang mundur dan siap untuk menjadi tokoh yang tidak populer.
Atas idealisme, kebijakan dan gebrakan tersebut, Kemenag relatif berubah ke arah yang lebih baik. Tolok ukur yang paling sederhana adalah adanya apresiasi positif dari berbagai kalangan terhadap penyelenggaraan ibadah haji pada masa ia menjabat sebagai Menteri Agama.
Mulai dari Presiden, kalangan DPR/MPR, hingga pemerhati masalah haji menyebut penyelenggaraan haji sebagai yang terbaik dibanding tahun-tahun sebelumnya. Bahkan pihak otoritas haji Arab Saudi sampai menggunakan kata mumtaz jiddan untuk menggambarkan betapa penyelenggaraan haji Indonesia pada masa itu sudah amat baik. Walaupun di tengah perjalanan  tersandung peristiwa 'catering' yang hampir menghancurkan reputasinya dalam upaya memperbaiki sistem penyelenggaraan ibadah haji.
Berbagai rangkaian kebijakan dan gebrakan itu mendorong sebuah harian nasional menganugerahkan gelar Tokoh Perubahan 2007 kepada Muhammad Maftuh Basyuni. Kini mantan Menteri Agama Muhammad Maftuh Basyuni (77 tahun) itu telah meninggalkan kita, ia mengembuskan nafas terakhir di RS Gatot Subroto Selasa petang, sekitar pukul 18.30 WIB, setelah beberapa hari dirawat di rumah sakit tersebut.
Putranya, Irvan Basyuni melalui telepon kepada Antara mengatakan, Maftuh sempat dirawat di salah satu rumah sakit di Malaysia. Di rumah sakit tersebut, Maftuh sempat menjalani penyinaran untuk penyakit kankernya di sekitar paru-paru. Pada Selasa petang, mantan Presiden RI Susilo Bambang Yudhoyono bersama mantan beberapa menteri sempat membesuk Maftuh di rumah sakit tersebut.
Di rumah duka, Menteri Agama Lukman Hakim Syaifuddin menyatakan duka mendalam atas meninggalnya sosok Maftuh Basyuni. Almarhum telah memberikan teladan pada jajaran Lemenag karena ia bekerja penuh integritas, berani dan bertanggung jawab. Rencananya, almarhum akan dishalatkan di Masjid Agung At Tin yang dipimpinnya beberapa tahun terakhir. Kemudian setelah itu akan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta.
