Keadaan yang sangat buruk ini membuat dr. Wahidin Soedirohoesodo yang mula-mula berjuang melalui surat kabar ‘Retnodhumilah’, menyerukan pada golongan priyayi Bumiputera untuk membentuk dana pendidikan. Namun usaha tersebut belum membuahkan hasil, sehingga dr. Wahidin Soedirohoesodo harus terjung ke lapangan dengan berceramah langsung.
R. Soetomo sebagai penggerak, timbul niat di kalangan pelajar STOVIA di Batavia (Jakarta) untuk mendirikan perhimpunan di kalangan para pelajar guna menambah pesatnya usaha mengejar ketertinggalan bangsa.
Langkah pertama yang dilakukan Soetomo dan beberapa temannya ialah mengirimkan surat-surat untuk mencari hubungan dengan murid-murid di kota-kota lain di luar Jakarta, misalnya: Bogor, Bandung, Semarang, Yogyakarta, dan Magelang.
Pada hari Rabu tanggal 20 Mei 1908 pukul sembilan pagi, Soetomo dan kawan-kawannya: M. Soeradji, M. Muhammad saleh, M. Soewarno, M. Goenawan, Soewarno, R.M. Goembrek, dan R. Angka berkumpul dalam ruang kuliah, yaitu di ruang Anatomi gedung STOVIA, Soetomo menjelaskan gagasannya. Dia menyatakan bahwa hari depan bangsa dan Tanah Air ada di tangan mereka.
Setelah segala sesuatunya dibicarakan masak-masak, mereka sepakat memilih “Boedi Oetomo” menjadi nama perkumpulan yang baru saja mereka resmikan berdirinya. Maka lahirlah Boedi Oetomo. “Boedi” artinya perangai atau tabiat sedangkan “Oetomo” berarti baik atau luhur. Boedi Oetomo yang dimaksud oleh pendirinya adalah perkumpulan yang akan mencapai sesuatu berdasarkan atas keluhuran budi, kebaikan perangai atau tabiat, kemahirannya.
Namun, para pemuda juga menyadari bahwa tugas mereka sebagai mahasiswa kedokteran masih banyak, di samping harus berorganisasi. Oleh karena itu, mereka berpendapat bahwa “kaum tua”-lah yang harus memimpin Budi Utomo, sedangkan para pemuda sendiri akan menjadi motor yang akan menggerakkan organisasi itu.
Gambaran peristiwa pada tanggal 20 Mei 1908 tersebut, adanya sekelompok kaum muda yang cerdas dan peduli terhadap nasib bangsa mendirikan organisasi Boedi Oetomo, kelak menjadi inspirasi bangkitnya kesadaran tentang pentingnya persatuan dan kesatuan bangsa untuk melawan penjajahan yang selama berabad-abad mencengkeram tanah air Indonesia.
Kongres Pertama Boedi Oetomo (3 Oktober – 5 Oktober 1908)
Beberapa bulan kemuadian Boedi Oetomo mengadakan Kongres di Kweekschool atau Sekolah Guru Atas Yogyakarta (Sekarang SMA 11 Yogyakarta) dengan pembicara: 1. R. Soetomo (STOVIA Weltevreden), 2. R. Saroso (Kweekschool Yogyakarta), 3. R. Kamargo (Hoofd der School Magelang), 4. Dr. MM. Mangoenhoesodo (Surakarta), 5. M. Goenawan Mangoenkoesoemo
Setelah berlangsung selama tiga hari, kongres yang dipimpin oleh dr. Wahidin Soedirohoesodo mengesahkan Anggaran Dasar Boedi Oetomo yang pada pokoknya menetapkan tujuan perhimpunan sebagai berikut:
Kemajuan yang selaras (harmonis) buat negara dan bangsa, terutama dengan memajukan pengajaran, pertanian, peternakan dan dagang, teknik dan industri, kebudayaan (kesenian dan ilmu pengetahuan).
