Pertama, ketahanan finansial. Operasional sekolah tentu membutuhkan biaya yang tidak sedikit. Kekuatan finansial penting untuk menjalankan tata kelola sekolah. Sekolah tanpa uang itu bohong, sebab siapa yang mau bekerja tanpa digaji. Sumber finansial utama sekolah swasta adalah siswa. Tidak mengherankan bahwa sekolah swasta di daratan Flores rata-rata memungut biaya yang cukup besar.
Selain dari siswa, sumber finansial berasal dari pemerintah berupa dana biaya operasional sekolah (BOS). Namun, sering kali dana tersebut tidak cukup untuk memenuhi pembiayaan seluruh proses pendidikan di suatu sekolah. Sepengetahuan penulis, pihak swasta memiliki kerja sama dengan pihak lain sebagai donatur utama untuk membantu agar ketahanan finansial tetap survive.
Jika demikian, apa masalahnya? Permasalahannya adalah pemasukan sekolah swasta sangat bergantung pada jumlah (kuantitas) siswa. Jika sekolah kekurangan siswa maka secara langsung berdampak pada pemasukan sekolah yang semakin menurun. Sebab, penulis meyakini bahwa keinginan orang tua menyekolahkan anak-anaknya di sekolah swasta cenderung menurunkan bila ada sekolah negeri yang murah dengan biaya yang murah.
Awal dari kehancuran sekolah swasta adalah kekurangan siswa. Kekurangan siswa berdampak pada ketahanan finansial serta mendegradasi kualitas sekolah swasta. Ini juga yang dialami oleh sekolah swasta di Jawa. Sekolah swasta  tidak bertahan di tengah meningkatnya kuantitas dan kualitas sekolah negeri. Sebaik-baik nya donatur dalam membiayai sekolah tentu juga memperhatikan kualitas sekolah. Donatur pasti akan meninggalkan sekolah yang tidak memiliki kemampuaan management yang baik terutama dalam mempertahankan kualitas sekolah.
Kedua, kuantitas dan kualitas sekolah negeri yang mendapat perioritas utama pemerintah. Sering dengan gencarnya program-program pemerintah dalam meningkatkan kualitas pendidikan termasuk mendirikan sekolah negeri di desa-desa serta meningkatkan kualitas sekolah tentu menjadi tantangan sendiri bagi sekolah swasta. Bagaimana tidak, kemudahan siswa mengakses ke sekolah negeri akan berdampak pada menurunnya minat siswa mendaftarkan diri ke sekolah swasta.
Sorotan lain adalah kualitas sekolah swasta yang kecenderungan stagnan tanpa ada progres visi misi yang jelas. Ketidakjelasan ini dapat kita lihat dari arah visi sekolah swasta yang tidak memiliki target yang jelas. Sekolah swasta tidak boleh terlena dengan status quo dan harus belajar dari pengalaman sekolah swasta yang bertahan (eksis) di pulau Jawa. Sekolah swasta yang tetap eksis ini memiliki target jelas mengenai  capaian sekolah di tahun yang akan datang. Sebagai contoh visi sekolah yang dicanangkan adalah "Tahun 2030 siswa Menguasai Pembelajaran Berbasis Digital". Sekolah memiliki target yang jelas sehingga langkah-langkah strategis diambil sesuai dengan harapan.
Ketiga, populasi siswa yang homogen. Mayoritas siswa beragama Katolik tidak berarti selalu berkolerasi terhadap tingginya minat siswa mendaftar di sekolah swasta terutama sekolah Katolik. Alasan mendaftar di sekolah swasta karena akan bertemu teman seiman tentu tidak berlaku bagi siswa yang agamanya adalah mayoritas di suatu wilayah. Sebagai contoh: siswa Katolik di Flores mendaftar diri ke sekolah swasta Katolik karena alasan ingin ketemu dengan teman seiman tidaklah mungkin, toh di sekolah negeri pun hampir mayoritas beragama Katolik.
Tentu karena ada alasan yang lebih rasional dari pada sekedar bertemu teman seagama. Atau hanya sekedar melihat visi mengembangkan iman Katolik yang lebih baik, padahal sekolah negeri juga akan memperlakukan hal yang sama seiring dengan keadaan siswa Katolik yang mendominasi. Pilihan ke sekolah swasta karena kualitas sekolah saat ini baik bila dibandingkan dengan sekolah negeri. Tentu akan berbeda cerita jika sekolah negeri ke depan sudah baik serta biaya yang lebih murah. Dengan sendirinya ada  kecenderungan siswa akan beralih ke sekolah negeri.
Ini bukan sekedar prediksi atau hipotesa dari penulis. Ada beberapa faktor yang mempengaruhi siswa atas  pilihan sekolah adalah kelengkapan fasilitas sekolah, program kerja sekolah, serta kualitas pengajar. Ketergantungan pilihan sekolah pada figur tertentu lambat laut akan hilang. Orang tua tidak lagi melihat siapa kepala sekolah nya, siapa gurunya secara individual melainkan kekuatan management secara komprehensif. Penulis melihat kekuatan ini berada pada sekolah negeri karena memiliki jaringan serta program-program yang terukur.
Keempat, kualitas dan kesejahteraan guru. Kualitas dan kesejahteraan guru merupakan isu utama serta menjadi tantangan besar bagi sekolah swasta. Kualitas selalu beriringan dengan kesejahteraan, sebab kesejahteraan guru yang baik tentu akan meningkatkan kualitas kerja di sekolah. Lagi-lagi kesejahteraan guru swasta sangat bergantung pada siswa. Sekali pun ada berbagai tunjangan sertifikasi untuk guru swasta namun itu tidak mudah bagi guru untuk mendapatkannya.
Di lain pihak, arah kebijakan penarikan guru berstatus aparatur sipil negara (ASN )dari sekolah swasta ke sekolah negeri menjadi tantangan tersendiri. Hal itu berarti mayoritas guru yang mengajar disekolah swasta adalah tenaga honorer atau swasta. Ini akan menyulitkan sekolah swasta dari segi pembiayaan gaji guru. Secara langsung juga berdampak pada kualitas sekolah swasta. Ditariknya guru berstatus ASN ini akan mengurangi performa kerja sekolah swasta.
