Dalam konsep belajar tuntas banyak hal dan kegiatan yang harus dilakukan. Evaluasi adalah kegiatan yang  sangat melekat dengan konsep belajar tuntas. Dari banyaknya kegiatan yang harus dilakukan, konsep ini sedikit membuat pembelajaran menjadi kurang ringkes atau lebih ribet.
3. Guru terbiasa cara lama dan mengalami hambatan menerapkan strategi belajar tuntas yang masih baru
Guru yang sudah terbiasa dengan cara lama akan mengalami hambatan untuk menyelenggarakan strategi ini yang relatif lebih sulit dan masih baru. Banyak guru yang sudah terbiasa dengan cara lama dalam strategi pembelajaran. Konsep belajar tuntas yang merupakan keterbaruan membuat guru mungkin harus ekstra dalam menyesuaikan dan memahami konsep ini.
4. Strategi ini membutuhkan dana dan waktu yang cukup besar
Dengan banyaknya kegiatan yang harus dilakukan dalam konsep belajar tuntas ini membuat penerapannya membuatuhkan bebagai fasilitas, perlengkapan, alat, dana serta waktu yang cukup besar sehingga membuat konsep ini memakan dana dan waktu yang besar juga banyak.
5. Untuk melaksanakan strategi ini mengacu kepada penguasaan materi belajar secara tuntas
Konsep ini mengharuskan peserta didik secara sempurna memahami materi yang ada. Sehingga ketuntasan belajar ini benar-benar menuntut pemahaman secara menyeluruh dari peserta didik. Bisa dikatakan bahwa syarat dari ketuntasan belajar ini sangatlah sulit untuk dijangkau siswa dengan wawasan luas atau yang perkembangannya sedikit lambat.
