Bahkan berbagai terobosan yang dibuatnya, ia sukses ditarik dalam kabinet periode pertama Jokowi dan dipercaya sebagai Menteri Perhubungan. Namun, sekitar 2016, Jonan terkena reshuffle Kabinet Jilid II bersamaan dengan Anies Baswedan, Rizal Ramli, Sudirman Said, Marwan Djafar, Yuddy Chrisnadi, Saleh Husin, dan Ferry Mursyidan Baldan.
"Yang tidak bisa dilupakan waktu saya dipensiunkan, diberhentikan dengan hormat pada 27 Juli 2016," ujar Jonan dikutip dari Tribunnews.com, pada Jumat, (30/12/2016) lalu.
Namun, reshuffle tersebut bukan menjadi pil pahit bagi Jonan. Pasca insiden tersebut atau 4 bulan setelah reshuffle, Jonan kembali dipanggil oleh Presiden Joko Widodo untuk menempati posisi Menteri Energi Sumber Daya Mineral (ESDM) menggantikan Archandra Tahar.
Pasca menjadi Menteri ESDM periode I Presiden Joko Widodo, Jonan mengatakan, memiliki rasa rindu terhadap PT KAI. Hal tersebut terungkap ketika salah satu salah satu peserta Kompasianival 2019 menanyakan terkait perasaan dengan PT KAI.
"Pertanyaan saya simple, apakah bapak kangen dengan PT KAI?" ujar peserta.Â
Sontak penyataan tersebut disambut hangat oleh Jonan. "Kalau kangen, pasti kangen. Saya juga suka berkunjung dan ngobrol dengan teman-teman KAI," ujar Ignasius Jonan di Kompasianival, Jakarta Selatan, Sabtu (23/11/2019) malam.
Tak hanya mengutarakan terkait perasaannya terhadap PT KAI, Jonan mengatakan siap memberikan kontribusi kepada PT KAI.
"Oh itu sudah tidak diragukan lagi, siapapun presidennya. Pastinya saya akan membantu PT KAI. Cinta sama KAI," kata Jonan.
Bahkan dikutip dari caption di Instagram-nya, Jonan mengatakan cukup senang dengan apa yang ia bangun untuk PT KAI terus tumbuh hingga saat ini.Â
"Apa yang saya bangun selama hampir 6 tahun sampai 2014 ternyata tetap tumbuh baik setelah saya meninggalkan kereta api sejak 5 tahun lalu," kata Jonan di Instagram Ignasius Jonan, Jumat (1/11/2019).Â
Jonan juga memberikan pesan terdapat PT KAI untuk selalu menjaga kedisiplinan yang bertujuan melayani para penumpang.