Dibalik manfaat yang cukup signifikan, penerapan Satu Data Indonesia tidak terlepas dari sejumlah tantangan yang harus diatasi. Berbagai tantangan yang muncul diantaranya, lokasi data yang tersebar, format data yang berbeda-beda, keterbatasan sumber daya yang menjadi tim teknis, implementasi yang membutuhkan waktu lama, dan yang paling krusial ialah keamanan dan privasi data. Jaminan perlindungan data yang kuat dan kebijakan peraturan keamaan yang ketat harus diterapkan demi memastikan keamanan data. Mengatasi berbagai tantangan ini membutuhkan kolaborasi antara stakeholder baik dari pemerintahan, swasta, maupun masyarakat, menjalankan komitmen yang telah disetujui dari pemangku kepentingan serta mengembangkan kebijakan yang tepat.
Meskipun tantangan dalam implementasinya tak dapat diabaikan, langkah-langkah yang diambil untuk perbaikan tata kelola data di Indonesia, membuka jalan bagi kemajuan yang signifikan. Melalui inisiasi pemerintah "Satu Data Indonesia" diharapkan dapat terwujudnya ekosistem data yang kokoh, menyediakan informasi yang komprehensif, dan kemudahan akses mendapatkan data. Keberadaan data yang menjadi aset berharga, bisa diterapkan dalam pengambilan keputusan yang terinformasi, perencanaan pembangunan yang tepat sasaran, dan pemberdayaan masyrakat luas. Jadikan "Satu Data Indonesia" sebagai pijakan dalam mewujudkan Indonesia maju dan bertranformasi.