Kelima, pelaksanaan dukungan yang bersifat substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Badan Karantina Indonesia; danÂ
Keenam, pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan Badan Karantina Indonesia.
Susunan Organisasi
Susunan organisasi Badan Karantina Indonesia terdiri atas: Kepala; Sekretariat Utama; dan tiga Deputi Bidang, yakni Deputi Bidang Karantina Hewan; Deputi Bidang Karantina Ikan; dan Deputi Bidang Karantina Tumbuhan.
Melihat dari latar belakangnya, pembentukan badan baru ini sejatinya menggabungkan dua fungsi karantina di dua kementerian. Yakni, karantina hewan dan karantina tumbuhan awalnya merupakan fungsi dari Badan Karantina Pertanian, Kementerian Pertanian.
Kemudian, karantina ikan, awalnya merupakan tugas dan fungsi dari Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan, Kementerian Kelautan dan Perikanan.Â
Mengingat keduanya memiliki objek yang relatif hampir sama, maka pembentukan Badan Karantina Indonesia ini patut kita apresiasi. Bahkan, diharapkan penggabungan karantina ini juga akan semakin memperkuat posisi tawar badan karantina, karena tidak lagi di bawah Menteri, namun langsung di bawah Presiden.
Dampaknya, upaya pencegahan masuk, keluar dan tersebarnya hama dan penyakit hewan karantina, hama dan penyakit ikan karantina, dan organisme pengganggu tumbuhan karantina, serta pengawasan dan/atau pengendalian terhadap keamanan pangan dan mutu pangan, keamanan pakan dan mutu pakan, produk rekayasa genetik, sumber daya genetik, agensia hayati, jenis asing invasif, tumbuhan dan satwa liar, serta tumbuhan dan satwa langka yang dimasukkan ke dalam, tersebarnya dari suatu area ke area lain, dan/atau dikeluarkan dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia, akan menjadi lebih optimal dan fokus dalam pekerjaannya.
Pasalnya, selama ini, tatkala di bawah Kementerian, kerap kali badan karantina mendapatkan tugas tambahan yang kadang tidak sejalan dengan Tugas pokok dan fungsinya. Seperti Badan karantina pertanian, oleh menteri pertanian mendapat tugas tambahan.Â
Untuk mendukung gerakan pembangunan pertanian, Karantina Pertanian diminta untuk melakukan pendampingan dan pengawalan gerakan pembangunan pertanian melalui program Kostratani.Â
Kostratani merupakan pusat kegiatan pembangunan pertanian tingkat kecamatan, yang merupakan optimalisasi tugas, fungsi dan peran Balai Penyuluh Pertanian (BPP) dengan memanfaatkan IT dalam mewujudkan kedaulat pangan.
Secara umum memang bagus, tetapi dinilai oleh beberapa pihak, Karantina dianggap melewati tugas pokok dan fungsinya sebagai karantina pertanian.