Berdasarkan data dari Wikipedia diketahui bahwa pengguna komersil MA60 hanya 7 negara dengan 11 unit. Indonesia dalam hal ini Merpati yang memiliki 14 unit MA60 (1 jatuh) sudah tidak terdaftar lagi sebagai pengguna MA60. Sedangkan pengguna militer MA60 ada 8 negara dengan 16 unit.
Hasil kajian dari tim restrukturisasi Merpati yang dibuat tahun 2008 menunjukkan bahwa jika kontrak dilaksanakan as is maka cash flow yang dihasilkan dari operasional pesawat MA-60 menunjukkan hasil yang tidak memuaskan, yang menunjukkan adanya risiko tidak dapat dilunasinya utang Merpati sebesar USD 67 juta dan akumulasi defisit kas sebesar Rp 1,2 triliun. Kegagalan Merpati dalam membayar kewajiban SLA akan menjadi beban pemerintah dalam memenuhi kewajibannya kepada Bank Exim China.
Namun demikian, realisasi kinerja keuangan dari 2 (dua) buah pesawat MA-60 yang disewa oleh Merpati menunjukkan bahwa secara umum, dalam kondisi normal, operasional pesawat tersebut masih memberikan contribution margin yang positif. Selain itu, Merpati juga telah telah menyusun proyeksi keuangan dengan mengasumsikan bahwa ke 15 unit pesawat akan diterima dan dioperasikan mulai pertengahan tahun 2010. Proyeksi yang dilakukan menunjukkan bahwa pengoperasioan ke 15 pesawat MA-60 tersebut akan memberikan hasil yang positif, baik terhadap net income maupun terhadap cash flow.
Jika Merpati/Pemerintah RI saat itu membatalkan perjanjian jual beli pesawat MA-60 maka akan berdampak pada somasi/tuntutan dari pihak XIAC karena PT MNA dianggap telah melanggar kontrak. Hal ini telah disampaikan oleh lawyer XAIC (Kelvin Chia) dengan surat No. JC/rr/SIN.2008003511-XA tanggal 21 Januari 2009, yang menyebutkan bahwa lambatnya penyelesaian/realisasi pembelian oleh PT MNA telah menimbulkan kerugian bagi XIAC sebesar USD 88.239.640. Dengan demikian, apabila pengadaan pesawat ini dibatalkan maka potensi kerugian yang harus ditanggung oleh PT MNA dan Pemerintah adalah minimal sebesar USD 88.239.640.00 tersebut.
Pihak Kementerian Negara BUMN mendorong Merpati untuk melawan ancaman itu. Merpati mengaku tidak rela dipaksa menerima kontrak pembelian pesawat dari pabrikan China. Kontrak tersebut dinilai sangat bisa membuat Merpati bangkrut. Hal ini disampaikan Sesmenneg BUMN sekaligus Komisaris Merpati Said Didu di sela-sela rapat dengar pendapat Pertamina dengan Komisi VII di gedung DPR, Jakarta, Senin (23/2/2009).
"Merpati tidak rela dipaksa menerima deal itu dan nantinya bangkrut," katanya. Ia meminta pemerintah untuk mempertimbangkan baik-baik bagaimana dampaknya terhadap beban Merpati di masa depan. Namun ternyata pembelian MA60 jalan terus dan Subsidiary Loan Agreement juga telah ditandatangani oleh Menteri Keuangan RI.
Akhirnya terbukti bagamana sebenarnya kinerja MA60. Pada 7 Mei 2011, Xian MA60X milik Merpati Nusantara Airlines jatuh ke laut saat akan mendarat di Bandar Udara Utarom, Kaimana, Papua Barat. Seluruh penumpang dan awak yang berjumlah 27 orang tewas. Tanggal 10 Juni 2013, Pesawat Merpati MA60 tujuan Bajawa-Kupang mengalami kecelakaan di Bandara El Tari Kupang, NTT. Pada 7 Januari 2012, pukul 15.45 WIB, Merpati jenis MA-60 dengan nomor MZ 536 terperosok di Bandar Udara Hasi ASan Sampit, Kabupaten Kotawaringin Timur, Kalteng, Pesawat rute Surabaya-Sampit ini dipiloti oleh Kapten Saptono dan kopilot Fauldort. Pesawat ini membawa 46 penumpang dewasa, 10 anak-anak, enam bayi dan enam awak pesawat. Dalam insiden tersebut tidak ada korban jiwa dan seluruh penumpang selamat.
Kelanjutannya adalah pada tanggal 1 Februari 2014, Direksi mengumumkan Merpati berhenti beroperasi karena beban utang kepada sejumlah kreditur mencapai Rp10,72 triliun. Tak hanya itu, perusahaan juga masih memiliki tunggakan pesangon untuk mantan karyawan sebesar Rp365 miliar. Dahlan Iskan, Menteri BUMN saat itu menyampaikan pemulihan maskapai memerlukan dana mencapai Rp15 triliun untuk memenuhi pembayaran upah karyawan dan membayar utang. Kala itu, Dahkan menilai rencana untuk menghidupkan kembali maskapai sudah sulit dilakukan karena restrukturisasi aset tidak menguntungkan. Hal ini sesuai dengan ramalan Sesemenneg BUMN Said Didu pada tanggal 23 Februari 2009.
Tanggal 10 April 2016, Merpati lolos dari gugatan pailit yang diajukan karyawan dan eks karyawannya. Majelis hakim Pengadilan Niaga (PN) Jakarta Pusat menolak permohonan tersebut. Selanjutnya, pada tanggal 17 Februari 2016, Merpati digugat dalam kasus Penundaan Kewajiban Pembayaran Utang (PKPU) oleh PT Prathita Titian Nusantara. Gugatan itu berlanjut hingga November dan Desember 2017. Dengan penggugat yang berbeda, pada Juni 2017 dan 15 Januari 2018, Merpati digugat oleh PT Parewa Katering, perusahaan jasa penyedia makanan yang memasok kebutuhan penumpang maskapai. Akhirnya, Pengadilan Niaga Surabaya tanggal 14 November 2018 mengabulkan permohonan PKPU dan memerintahkan tim pengurus memanggil Merpati dan kreditur untuk menyusun proposal perdamaian penyelesaian utang.
Tidak ingin berakhir pailit, Merpati menggunakan kesempatannya mengajukan proposal perdamaian dalam proses Penundaan Kewajiban Pembayaran Utang (PKPU). Dalam proposal perdamaian tersebut, Merpati menawarkan sejumlah perjanjian kepada para kreditur (pemberi pinjaman) untuk memenuhi kewajibannya membayar utang yang selama ini tertunggak. Berdasarkan jenis krediturnya, Merpati memiliki utang kepada kreditur konkuren (kreditur tidak berjamin) sebesar Rp 5,2 triliun. Kemudian, utang kepada kreditur separatis (pemegang jaminan) sebesar Rp 3,3 triliun dan kreditur preferen seperti para pekerja mencapai Rp 1,7 triliun.
Terhadap para kreditur tersebut, Merpati menawarkan sejumlah mekanisme perjanjian penyelesaian utang atau restrukturisasi yang diajukan dalam proposal perdamaian. Dalam mekanisme tersebut, terdapat utang yang dibayarkan penuh dan sebagian. Kemudian, Merpati juga menawarkan opsi perubahan atau konversi utang menjadi penyertaan modal (debt equty swap). Tidak hanya itu, Merpati meminta kepada para kreditur untuk menghapus bunga serta denda dari pokok utang perseroan.
