Tujuannya adalah untuk menyiapkan cadangan penting dan sumber perbanyakan dalam rangka reintroduksi jenis dan restorasi ekosistem, perbaikan mutu genetik tanaman budidaya, serta pengembangan potensi komersial tanaman (kebunraya.balikpapan.go.id).
2. Fungsi Edukasi
Kebun raya menyimpan sejuta informasi dan pengetahuan tentang spesies flora dan fauna yang menghuninya. Sehingga kebun raya mangrove memiliki fungsi sebagai tempat pendidikan dan penelitian mengenai botani, konservasi, dan ekosistem mangrove atau bakau.
3. Fungsi Ekowisata
Sebagai tempat konservasi buatan atau ex-situ, kebun raya selain menjadi tempat edukasi juga berperan sebagai tempat wisata khususnya wisata edukasi botani.Apalagi Kebun Raya Mangrove yang berdekatan dengan pantai memberikan sensasi wisata yang menyegarkan dan hijau.Â
4. Fungsi Ekolologi
Hutan mangrove memiliki fungsi ekologis sebagai sabuk hijau (green belt) sekaligus dinding laut (sea wall). Sabuk hijau memiliki peranan sebagai ruang terbuka hijau yang memiliki tujuan sebagai pembatas aktivitas manusia seperti pembangunan, industrialisasi, dan pemukiman dengan kegiatan lainnya dalam hal ini wilayah pesisir laut dari ancaman abrasi dan tsunami sekaligus sebagai dinding laut alami.
Selain itu, sabuk hijau mangrove berperan dalam mengurangi polusi udara sehingga menurunkan suhu lingkungan, apalagi seperti Kota Surabaya yang terkenal panas. Berperan sebagai ruang terbuka hijau kota.
Ekosistem mangrove juga sebagai tempat  perkembang biakan satwa dan juga tumbuhan yang hidup di daerah tersebut. Fungsi biologis ini dipengaruhi oleh komponen abiotik yang ada di lingkungan sekitarnya.  Begitu pentingnya ekosistem mangrove bagi kehidupan mahkluk hidup di dalamnya.
