Sepeninggal Sultan Hamengku Buwono I Kesultanan Yogyakarta mengalami pasang surut yang juga mewarnai suksesinya. Salah satu episode terburuk sebagaimana dikisahkan dalam buku terjemahan karya Tim Hannigan (2018) yang berjudul  Rafles dan invasi Inggris ke Jawa, pada bulan Juni tahun 1812 , pasukan Inggris pernah menyerang dan memasuki Keraton. Sultan Hamengku Buwono II dipaksa turun takhta dan penggantinya Sultan Hamengku Buwono III harus mengikuti persyaratan yang diajukan oleh pemerintah Kolonial Inggris. Suksesi kekuasaan dan berbagai kisah yang mengikutinya telah terjadi di Keraton Yogyakarta dan menjadi bagian dari sejarah Keraton ini . Namun satu hal yang pasti,  Keraton Kesultanan Yogyakarta masih berdiri kokoh hingga hari ini.
4. Pada Masa Sultan Hamengku Buwono IX bertakhta, Negara Republik Indonesia diproklamirkan pada tanggal 17 Agustus 1945
Ketika Sultan Hamengku Buwono IX bertakhta di  Keraton Yogyakarta terjadi sebuah peristiwa besar yaitu diproklamirkannya Kemerdekaan  Negara Republik Indonesia pada tanggal 17 Agustus 1945. Dalam buku berjudul  Hamengku Buwono IX Pengorbanan sang Pembela Republik (KPG dan Tempo:2018) dituliskan bahwa sesaat setelah Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia tanggal 17 Agustus 1945, Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII menyatakan dukungan kepada Republik Indonesia. Pada tanggal 5 September 1945 sebagai kelanjutan sikap dukungan kepada Republik Indonesia, Sultan Hamengku Buwono IX mengeluarkan amanat posisi Yogyakarta yang salah satunya menyatakan Ngayogyakarta Hadiningrat adalah Kerajaan berwujud Daerah Istimewa Republik Indonesia dan Sultan bertanggung jawab langsung kepada Presiden.
Setelah peristiwa proklamasi tersebut Sultan Hamengku Buwono IX terus memberikan dukungan kepada Republik Indonesia yang masih muda dan masih terus dirongrong oleh penjajah Belanda. Dalam buku berjudul  Hamengku Buwono IX Pengorbanan sang Pembela Republik (KPG dan Tempo:2018) dikisahkan pula , pada tahun 1946 Jakarta berada dalam keadaan genting karena serdadu Belanda terus memburu para  petinggi Republik, menyadari hal tersebut Sultan menawarkan ke Bung Karno agar Ibu Kota dipindahkan ke Yogyakarta dan disetujui oleh Bung Karno. Pada tanggal 4 Januari 1946 Presiden Soekarno-Wakil Presiden Mohammad Hatta beserta istri dan sejumlah Menteri berangkat ke Yogyakarta dengan Kereta Api luar biasa yang berangkat secara diam-diam dan telah diatur sedemikian rupa agar tidak menarik perhatian Belanda. Sultan Hamengku Buwono IX sudah menyiapkan dengan matang Yogyakarta sebagai Ibu Kota Republik Indonesia lengkap dengan sarana dan prasarananya.
Pada akhir tahun 1948, sebuah episode mendebarkan terjadi di Yogyakarta. Sebagaimana dikisahkan oleh Julius Pour dalam bukunya yang berjudul Doorstoot Naar Djokja-Pertikaian Pemimpin Sipil-Militer (Kompas: 2010), pada tanggal 19 Desember 1948 Jenderal Spoor dengan pasukannya menyerang Yogyakarta untuk melakukan propaganda kepada dunia bawa tentara Indonesia sudah tidak ada, peristiwa ini dikenal dengan nama Agresi Militer Belanda II. Serangan kilat atas kota Yogyakarta  ini diawali dengan serbuan dua kompi pasukan komando lintas udara Belanda atas pangkalan Udara Maguwo yang diikuti dengan pergerakan sejumlah batalyon pasukan di Jawa Tengah melalui jembatan udara dengan pesawat-pesawat angkut dan jalan darat yang langsung menyerbu kota Yogyakarta. Pada peristiwa ini banyak petinggi-petinggi Republik Indonesia yang ditawan Belanda namun Jenderal Sudirman dan pasukannya berhasil lolos dari sergapan pasukan Belanda dan melancarkan serangan gerilya dari markasnya yang berpindah-pindah. Dalam masa-masa berat ini Sultan Hamengku Buwono IX terus memberikan dukungan yang luar biasa terhadap Republik Indonesia yang masih muda ini.
Perhitungan Jenderal Spoor terhadap kekuatan dan kemampuan pasukan TNI ternyata meleset. Hanya sekitar 3 bulan dari peristiwa Agresi Militer Belanda II, Panglima Besar Sudirman bersama komandan-komandan lapangan TNI berhasil menyusun stratregi dan rencana sebuah Serangan Umum dari markas gerilyanya. Pada tanggal 1 maret 1949 tepat pukul 6 pagi pasukan TNI, para laskar pejuang yang didukung segenap rakyat melakukan serangan besar-besaran terhadap posisi-posisi strategis pasukan Belanda di kota Yogyakarta. Peristiwa tersebut dikenal dengan nama Serangan Umum 1 Maret 1949. Selama 6 jam pasukan TNI dan para pejuang berhasil menguasai kota Yogyakarta dan berhasil membuka mata dunia bahwa Republik Indonesia dengan Tentara Nasionalnya masih utuh dan masih kuat sehingga dapat memberikan posisi tawar yang stratehis terhadap perjuangan melaui jalur diplomasi yang dilakukan.  Tepat jam 12 siang para pasukan menarik diri kembali  ke markas gerilyanya. Untuk menghadapi para pejuang Republik Indonesia pihak Belanda sampai mengerahkan 2 batalyon psukan KNILnya yang paling tangguh di bawah Komando Komandan Brigade yang berkedudukan di Magelang, Kolonel van Zanten. Batalyon Pasukan KNIL Kolonel van Zanten tersebut dikenal dengan julukan Batalyon Andjing Nica dan Batalyon Gajah Merah.
Setelah peristiwa Serangan Umum 1 Maret, pada tanggal 3 Maret Mayor Jenderal Meijer Komandan Teritorial Jawa Tengah mendatangi Keraton Yogyakarta dan menemui Sultan karena menganggap Sultan melindungi para pengacau keamanan (dari sudut pandang tantara Belanda)di Keraton. Sultan menjawab hal ini dengan gagah berani dan tegas yang membuat Mayor Jenderal Meijer dan rombongan merasa respek terhadap ketegasan Sultan dan segera meninggalkan Keraton. Ketegasan Sultan tersebut menjadi bukti dukungannya dalam membela Republik Indonesia dan melindungi para pejuang.Â
Sultan Hamengku Buwono IX terus memainkan peranan penting dengan menjadi anggota delegasi Indonesia dalam berbagai macam perundingan-perundingan diplomasi hingga penjajah Belanda angkat kaki dari bumi Indonesia. Beliau pernah menjabat sebagai Wakil Presiden Republik Indonesia. Sultan Hamengku Buwono wafat pada tahun 1988, jalan-jalan di Yogyakarta dipenuhi oleh masyarakat yang menghantarnya selama prosesi pemakamannya menuju makam-makam Raja Jawa di Imogiri. Republik Indonesia menganugerahinya gelar Pahlawan Nasional.
5. Pusaka-Pusaka Keraton Yogyakarta
Dalam sebuah Kerajaan benda-benda pusaka selalu mendapatkan tempat khusus karena dianggap memiliki sebuah tuah yang berjalan seiring dengan berdirinya kerajaan itu sendiri. Sejumlah kisah legenda juga seringkali menyertai keberadaan benda pusaka itu. Merangkum dari beberapa sumber, Keraton Yogyakarta juga memiliki beberapa benda pusaka, berikut beberapa di antaranya:
- Keris Kiai Ageng Kopek. Adalah pusaka utama Keraton Yogyakarta dan hanya berhak dipakai oleh Sultan Hamengku Buwono. Keris  ini digunakan oleh  Sultan Hamengku Buwono I hingga Sultan Hamengku Bawono X
- Keris Kiai Jaka Piturun. Adalah Keris  Pusaka yang diberikan saat seorang Pangeran diangkat menjadi penerus takhta atau Putra Mahkota
- Tombak Kyai Plered adalah pusaka yang berbentuk tombak dan sudah ada di lingkungan Kerajaan Mataram Islam sejak masa pemerintahan Panembahan Senopati
- Beberapa Kereta Pusaka
- Beberapa perangkat gamelan pusaka
