Secara politik, struktur negara menjadi semakin militeristik. negara dan kerajaan militer seperti Dinasti Ghaznawi di India Utara dan Dinasti Seljuk di Asia tengah menegaskan pada penaklukan dan peran militer dalam struktur kenegaraan.
Selain perubahan ekonomi dan politik, dalam hal ini militer, Juga terdapat perubahan dalam sektor keagamaan. pada pertengahan abad ke 11 dua khalifah Dinasti Abbasyiah yaitu al-Qadir dan al-Qaim, seorang ayah dan anak yang mendeklarasikan akidah sunni melalui Manifesto Baghdad (1011 M). mereka mengumumkan bahwa filosof muslim yang lebih rasionalis adalah kafir (para filosof rasionalis) beberapa aliran Syiah terutama aliran ismailiyah adalah kafir. dan muslim yang tidak menjalankan shalat lima waktu adalah kafir. dan Deklarasi ini menandakan berdirinya ortodoksi Sunni. Hal ini merupakan reaksi penguasa Dinasti Abbasyiah pada waktu itu terhadap dinasti Syiah dan otoritas politik yang sudah menguasai Mesir dibawah Dinasti Fatimiah, di beberapa bagian semenanjung Arab dibawah dinasti Qaramithan, Suriah bagian utara dibawah orang-orang hamdani, iran dan juga irak termasuk baghdad dibawah dinasti buwaihi.
Seruan para khalifah Abbasiyah untuk menyatukan seluruh penganut aliran sunni dalam sunni ortodoks ini diterima dengan baik oleh Dinasti Seljuk. para prajurit nomaden Seljuk datang ke Baghdad dan mendirikan kekuasaan Sunni di Baghdad. mereka menggunakan sistem iqta untuk mengontrol ekonomi dan untuk memberikan lahan kepada para komandan militer. Kemudian perdana menteri mereka Nizamul Mulk mulai membangun sistem madrasah sehingga dengan ortodoksi sunni baru ditambah kerajaan militer, kelas pedagang menjadi termarjinalkan. mereka tidak lagi didukung oleh para kaum intelektual muslim. Kaum intelektual muslim mulai didukung oleh negara terutama dengan sistem madrasah yang madrasah Nizamiyah di bawah naungan otoritas politik.
 Kuru menyebut, seorang tokoh intelektual penting Islam yaitu, al-Ghazali juga berkontribusi dalam pembentukan sistem persekutuan ulama-negara. Dia menulis buku yang menyerang para filosof filsafat seperti tahafut al falasifa. Ia juga menyerang sejumlah aliran Syiah.
Dapat diketahui bahwa Ghazali merupakan tokoh yang sangat kompleks dan memiliki karya yang monumental, tetapi ada aspek dari warisan pemikirannya sangat anti-intelektual.
pada akhir bagian bukunya tahafut al-falasifa, ghazali mengajukan pertanyaan hipotetis "dapatkah para filosof seperti Farabi, Ibnu Sinna dianggap murtad dan pengikutnya dapat dihukum mati?" dan dia menjawab "ya". Karena tiga alasan. Pertama, filsuf seperti al-Farabi, Ibn Sina dan yang lainnya mengklaim bahwa dunia atau alam semesta secara material itu kekal. Kedua, kebangkitan setelah mati itu bersifat rohani bukan dengan tubuh manusia. Ketiga, tuhan mengetahui hal-hal makro besar namun tidak memperdulikan detail. jadi karena ketiga klaim ini, menurut Ghazali dan pemahaman filsafatnya, para filosof ini pun divonis murtad.
Dan setelah itu ortodoksi Sunni menggunakan fatwa Ghazali dan fatwa ulama lainnya untuk menghukum para filosof dan menyatakan mereka murtad. Ini menjadi alat penindasan politik untuk menghukum siapapun yang memiliki pandangan yang bersebrangan yakni oposisi. Walhasil, filsuf dipandang sebagai profesi yang buruk. setelah abad ke 12 orang mulai takut disebut filsuf. Pola pikir anti-intelektual ini terus berlanjut selama berabad-abad hingga saat ini. jadi tentu saja telah terjadi banyak transformasi dan perubahan setelah abad ke-11. Tetapi secara umum, aliansi negara-ulama mulai terbentuk setelahnya, ulama menjadi bagian dari birokrasi negara yang berkolaborasi dengan kekuatan militer. Lalu  muncullah reaksi terhadap para filosof dan intelektual lainnya, dan menjadi seorang filosof dan intelektual mulai dianggap sebagai seorang yang tidak cukup soleh dan bukan muslim yang baik. Dan pemahaman yang seperti ini menyebabkan stagnansi di dalam kehidupan intelektual di dunia Islam, itulah mengapa dunia Islam menghadapi berbagai masalah sampai sekarang
