Pengujian adalah suatu proses ilmiah (sains) untuk memahami proses dan hasil yang diharapkan dalam system informasi.
Jika ada alat audit yang akan digunakan, maka pengujian dilakukan dengan menggunakan utilitas alat tersebut.
Pengujian berfokus pada hasil komputasi, terkait pengendalian yang dilakukan manajemen, dan bagaimanakah  kenyataan aktual yang dilakukan, untuk  melihat apakah hasil tersebut mendukung hipotesis yang ada.
Kadangkala melakukan pengujian terhadap keseluruhan data dan transaksi tidak memungkinkan, mengingat waktu dan biaya yang terbatas, sehingga pengambilan sampel dilakukan.
Sampel yang diambil cukup dan memadai, untuk dapat memastikan kualitas dan kuantitas yang memadai untuk mengekstrapolasi hasil pengujian menjadi kesimpulan yang dapat diandalkan pada keseluruhan populasi.
Pengujian pengendalian dilakukan untuk meyakinkan efektivitas operasional pengendalian sebaik efektivitas desain yang telah ditetapkan, mencakup:
- Uji substantif
Pengujian ini digunakan untuk membuktikan integritas proses sebenarnya, yaitu meyakinkan bahwa proses system informasi, telah bekerja dengan baik.
Uji substantif untuk mengetahui sejauh mana reliabiltas desain pengendalian yang telah disusun, apakah desain tersebut dapat diandalkan.
- Uji kepatuhan
Pengujian ini untuk mengetahui sejauh mana system informasi yang dibangun memenuhi kepatuhan terhadap kebijakan dan prosedur yang telah ditetapkan, dan mengetahui bagaimana pengendalian yang telah dibangun, apakah telah berjalan sebagaimana yang diharapkan. Â
- Pertemuan Akhir (Closing Meeting)
Setelah seluruh rangkaian proses audit dilakukan, mencakup reviu dokumen, konfirmasi, penelusuran, dan pengujian pengendalian, auditor menganalisis kondisi yang ada, membandingkan dengan kriteria yang ditetapkan bersama, dan menyampaikan kepada manajemen tingkat atas.
Tim Audit mendiskusikan hasil observasi yang telah dilakukan, gaps (perbedaan) yang ditemukan, antara yang telah didesain sebelumnya dengan kenyataan aktual di lapangan, dengan pihak manajemen tingkat atas, dan memberikan rekomendasi penyelesaian yang dapat dilakukan untuk mengatasi gaps tersebut.
