Setiap muncul virus baru, para peneliti virus mempunyai tugas yang berbeda-beda dalam menemukan obatnya. Ada yang bertugas menuliskan deret genomnya (genome sequencing). Ada yang menganotasi bagian dari deret genom apakah mirip dengan yang sudah pernah ada (protein annotation). Ada yang mencari tahu apa fungsi masing-masing anotasi, dan seterusnya. Sampai akhirnya peneliti kemoinformatika bisa mengusulkan obat yang misalnya membuat virus berhenti menyuruh membuat toksin.
Dari sini dimulailah proses drug design yang biasanya berlarut-larut. Pakar biostatistik berperan penting di sini untuk menilai efikasi dari obat. Misalnya sebagian penderita diberikan kandidat obat, sebagian lagi diberikan obat pura-pura (placebo) tanpa sepengetahuan pasien. Kalau yang diberi obat sembuh dan tidak diberi obat tidak sembuh, dan jumlah eksperimen cukup banyak, obat baru bisa dirilis.
Agar bisa memprediksi kandidat obat COVID-19, mari kita investigasi komponen COVID-19.
Komponen COVID-19
Covid-19 adalah virus berukuran 50-200 nanometer (1 nanometer = 1 meter dibagi 1 milyar). Tentunya masker kain ataupun masker bedah, apalagi slayer, tidak akan menjamin Anda pasti terbebas dari virus ini karena terlalu kecilnya. Virus bukanlah makhluk hidup. Virus mulai hidup kalau sudah masuk ke sel penderita.
Pada dasarnya virus itu sendiri berupa RNA yang panjangnya 30 ribu "huruf RNA". RNA virus diselimuti oleh protein-protein yang mempunyai tugas masing-masing. Ada protein yang bertugas melindungi RNA virus, ada yang bertugas menyerang sel manusia, ada yang masih misterius sampai sekarang. Mari kita bahas satu-satu per komponen.
1. Spike: Jangkarnya COVID-19
Spike berfungsi seperti jangkar kapal untuk mencantolkan amplop covid ke calon penderita. Bentuknya mirip mahkota, makanya namanya corona virus. Membran sel dari organ dalam manusia dikelilingi oleh yang namanya enzim ACE2. Dan ACE2 ini menjadi magnet sekaligus gerbang pintu masuk coronavirus ke sel paru-paru manusia sambil bilang "Monggo nyantol mas Spike, mau minum apa? Kopi? teh?"
Setelah nyantol, spike menyuntikkan RNA virus ke membran sel paru-paru calon penderita. Nah setelah virus ini masuk, sel paru-paru mendadak tersihir seperti orang kena gendam, untuk menggandakan virus ini sebanyak-banyaknya di dalam sel. Namanya juga RNA, begitu deretan RNA virus ini dibaca dan diterjemahkan oleh sel paru-paru, terciptalah toksin yang bikin kita sakit. Dan sel paru-paru itu bagaikan pabrik, ada mesin produksinya (ribosom), ada produknya (protein).
Ditengarai coronavirus ini awalnya hanya menginfeksi kelelawar dan trenggiling. Lalu virus ini mengalami mutasi, ketambahan 12 huruf RNA "ccucggcgggca" di spike, yang membuat COVID-19 mudah menempel ke sel paru-paru manusia. Beberapa peneliti saat ini sedang menciptakan vaksin yang mencegah spike menempel ke sel paru-paru.
2. ORF3a: Yang melubangi sel paru-paru
Virus ini memproduksi ORF3a yang melubangi membran sel paru-paru dan menyebabkan radang paru-paru, yang merupakan gejala paling berbahaya dari COVID-19.
3. E-protein: Amplop pelindung COVID-19
E-protein (Envelope) menciptakan gelembung berminyak yang melindungi virus yang belum menginfeksi. Dimungkinkan E-protein juga bisa pegang kendali genetik dalam sel paru-paru kita.
4. M-protein: Pembungkus E-protein
M-protein (Membran) menambah lapisan pelindung extra dari RNA virus COVID-19 agar tidak mudah rusak.
5. ORF6: Pembungkam sel paru-paru
Sel manusia apabila terancam biasanya akan mengirim sinyal minta tolong ke sistem imunitas tubuh. ORF6 bertugas membungkam sel paru-paru agar sinyal itu tidak terdengar oleh sistem imun tubuh. ORF6 juga mencegah sel paru-paru memproduksi antivirus.
6. ORF7a: Yang melepaskan virus
Saat virus masuk sel paru-paru, sel akan memproduksi tetherin yang memerangkap virus. ORF7a memotong persediaan tetherin sel langsung ke sumbernya, sehingga virus bisa bebas masuk sel. ORF7a juga memaksa sel paru-paru melakukan bunuh diri, sehingga merusak paru-paru.
7. ORF8: Protein misterius
ORF8 merupakan protein yang belum pernah ditemukan di virus manapun, dan fungsinya masih misterius sampai sekarang.
8. N-Protein: Pelindung COVID-19
Nucleocapsid (N-protein) berfungsi melindungi COVID-19. N-protein ini juga berfungsi menangkal interferon (bagian dari sistem pertahanan tubuh).
9. ORF10: Protein Misterius
10. 5' Primer COVID-19
265 huruf RNA 5' Primer inilah yang menyihir sel paru-paru manusia agar menuruti semua perintah dari si virus. Sel paru-paru awalnya diinvasi lalu kontrol dalam sel dikuasai oleh sang virus. Semua produksi dalam sel paru-paru harus mengikuti perintah sang virus.
11. NSP1: Pensabotase sel paru-paru
NSP1 Â bertugas menyuruh sel paru-paru untuk menurunkan produktifitas biasa mereka. NSP1 juga menyuruh sel paru-paru memprioritaskan perintah baru dari virus dan mencegah sel paru-paru memproduksi antivirus.
12. NSP2: Protein Misterius
13. NSP3: Membebaskan toksin dan merusak keseimbangan protein dalam sel
NSP3 mengatur peredaran protein-protein yang sudah diproduksi di dalam sel paru-paru, sehingga coronavirus bisa bekerja secara terstruktur. Sel paru-paru yang sehat biasanya menyuruh protein yang sudah mulai rusak untuk pensiun. Tapi NSP3 mencegahnya, sehingga keseimbangan sel terganggu dan membuat sel tidak bisa memproduksi anti virus.
14. NSP4: Membuat gelembung
15. NSP5: Aktivator
NSP5 mengaktifkan kinerja NSP yang lain.
16. NSP6: Pabrik gelembung
Bekerja sama dengan NSP3 dan NSP4 untuk menciptakan gelembung
17. NSP7 dan NSP8: Abang-abang fotokopi
Dua protein ini membantu NSP12 menggandakan coronavirus RNA.
18. NSP9: Penyelundup
19. NSP10: Kamuflator
20. NSP12: Mesin fotokopi
NSP12 adalah mesin fotokopi RNA virus, sementara NSP7 dan NSP8 adalah abang-abang yang memfotokopinya. Keberadaan dan fungsi dari NSP11 yang overlap dengan NSP12 masih dipertanyakan oleh penulis, sehingga penulis tidak menyebutkan NSP11.
21. NSP13: Merapikan benang kusut virus
Bentuk struktural dari COVID-19 RNA biasanya berupa benang kusut (nekuk-nekuk, muter-muter nggak jelas) karena ikatan kovalen dan afinitas naturalnya. NSP13 bertugas meluruskan benang kusut tersebut, sehingga virus bisa digandakan.
22. NSP14: Tukang Koreksi (Proofreader)
23. NSP15: Tukang rapih-rapih
NSP15 diduga bertugas merapikan sisa buangan RNA, sehingga antivirus yang diam-diam diciptakan oleh sel paru-paru tidak mengenali adanya virus.
24. NSP16: Kamuflator 2
Sequel
Di postingan berikutnya, penulis akan membeberkan beberapa kandidat obat COVID-19 dan bagaimana para peneliti sampai terpikir untuk menemukan obat tersebut. Nggak sabar kan? Stay tune.
Follow Instagram @kompasianacom juga Tiktok @kompasiana biar nggak ketinggalan event seru komunitas dan tips dapat cuan dari Kompasiana
Baca juga cerita inspiratif langsung dari smartphone kamu dengan bergabung di WhatsApp Channel Kompasiana di SINI
