Ben Marco yang menyaksikan pengumuman pencalonan Raymond sebagai cawapres di televisi memutuskan untuk menyelidiki mimpi yang ia dan Al alami. Ia lalu pergi ke New York. Di kereta, ia bertemu dengan Rosie, perempuan yang bekerja sebagai kasir, tempat di mana Ben pernah berbelanja. Rosie menawari Ben tempat tinggal yang disetujui lelaki itu.
Saat berada di apartemen, Ben menemukan sebuah implan yang dipasang dala punggungnya. Ia lantas mengambil implan tersebut yang sayangnya hilang sewaktu Rosie masuk ke kamar mandi. Didorong rasa ingin tahu, Ben memutuskan menemui kenalannya, Delp. Dari Delp, Ben pun mengetahui ada perusahaan bernama Manchurian Global yang terkait dengan para elite politik.
Dengan bantuan Delp, Ben pun melakukan terapi yang membuatnya mengingat kembali apa saja yang terjadi sesudah peristiwa patrol di Perang Teluk dulu. Ben kemudian mendatangi Raymond di kantor kampanyenya untuk mengkonfirmasi apa yang dialaminya dahulu.
Raymond yang semula menolak keinginan Ben berbicara dengannya akhirnya memberi waktu kepada laki-laki tersebut. Ketika hanya berdua, Raymond justru curhat mengenai kehidupan mulai dari hubungannya dengan Jocelyn yang tidak direstui ibunya yang membuatnya bergabung dengan militer di Perang Teluk. Ia juga mengungkapkan rasa frustasinya ketika harus terjun ke dunia politik memenuhi ambisi Eleanor.
Baca juga : Sinopsis Film 'One Day'
Ben berusaha membuat Raymond percaya bahwa ada implan yang ditanam di punggung lelaki itu. Namun, Raymond menolak sehingga membuat Ben terpaksa menggigit punggung Raymond untuk membuktikan ucapannya. Ben berhasil mengambil implan Raymond meski harus berurusan dengan pihak berwenang.
Ben dibebaskan karena Raymond tidak mengajukan penahanan atas dirinya. Ia juga mengetahui bahwa Rosie selama ini diam-diam menyelidikinya dan berpikir perempuan itu bagian dari Manchuriaan Global. Ben pun keluar dari apartemen Rosie lalu mulai mencari tahu mengenai perusahaan tersebut.
Sesudah mengumpulkan informasi tentang Manchurian Global, Ben menemui Senator Tom Jordan untuk memberikan temuannya. Tom lalu mengkonfirmasi informasi yang didapat Ben kepada Eleanor dan Raymond. Takut dengan kemungkinan terburuk, Eleanor kemudian 'mengaktifkan' Raymond untuk membunuh Tom Jordan dan Jocelyn.
Mengetahui kematian keduanya, Ben kembali ke apartemen Rosie. Kepada Ben, Rosie mengaku ia adalah agen FBI yang sudah mengawasi Ben cukup lama. Ben memberitahu Rosie mengenai kudeta yang akan dilakukan Manchurian Global yang bermaksud membunuh presiden terpilih  sehingga Raymond menjadi penggantinya.
Dengan bantuan Rosie, Ben dipertemukan dengan Raymond yang akhirnya mengaku bahwa ia pun mengalami mimpi yang sama dengan Ben. Baik Ben dan Raymond serta bekas anak buah Ben yang masih hidup dulu ternyata telah dicuci otaknya oleh Manchurian Global.