BAZNAS menyediakan beberapa metode untuk menyetorkan zakat pertanian:
  - Datang langsung ke kantor BAZNAS di wilayah setempat untuk melakukan penyetoran tunai atau memberikan hasil panen secara langsung.
  - Transfer bank melalui rekening zakat BAZNAS yang telah disediakan, dengan menyertakan bukti transfer.
  - Online melalui platform digital BAZNAS atau aplikasi pembayaran zakat yang tersedia. Biasanya, pengguna harus mengisi formulir zakat secara online.
- Isi Formulir Penyetoran
Baik secara langsung maupun online, wajib mengisi formulir penyetoran zakat. Formulir ini berisi data diri, jenis zakat yang dibayarkan (zakat pertanian), jumlah zakat, serta rincian hasil panen.
Â
- Konfirmasi Penyetoran
  - Setelah melakukan pembayaran atau penyetoran zakat, simpan bukti pembayaran atau bukti penyetoran.
  - Jika menyetorkan melalui transfer bank atau online, kirim bukti pembayaran kepada pihak BAZNAS sebagai konfirmasi.
  - Jika menyerahkan hasil panen langsung, BAZNAS akan memberikan tanda terima resmi.
- Distribusi Zakat
Setelah zakat disetorkan, BAZNAS akan mendistribusikannya kepada golongan yang berhak (asnaf zakat), seperti fakir miskin, muallaf, dan lain-lain, sesuai ketentuan syariah.
- Menerima Laporan Penyaluran
BAZNAS biasanya memberikan laporan penyaluran zakat sebagai bentuk transparansi dan akuntabilitas kepada para muzakki (orang yang membayar zakat). Laporan ini dapat diperoleh melalui situs resmi BAZNAS atau komunikasi langsung.