   Gusti Raden Mas Dorojatun lalu bergegas menemui politisi senior Belanda, Dr. Lucien Adam. Pada usia baru menginjak 28 tahun beliau harus berdebat panjang dengan Dr. Lucien Adam yang berusia 60 tahun.Pada debat tersebut beliau mengatakan bahwa tidak setuju jika jabatan Patih merangkap pegawai kolonial agar tidak ada konflik kepentingan, beliau juga tidak setuju dewan penasehatnya ditentukan oleh Belanda dan juga beliau menolak pasukan/prajurit keraton mendapat perintah langsung dari Belanda.
     Setelah empat bulan tidak menghasilkan kesepakatan apapun, beliau berubah pikiran saat mendapat bisikan jika Belanda tidak lama lagi akan pergi dari bumi Mataram dan lalu beliau pun menerima usulan dari Dr.Lucien Adam.Pada tanggal 12 Maret 1940 di Tratag Prabayeksa, Gusti Raden Mas Dorojatun menandatangani kontrak politik dengan Belanda yang berisi 17 bab dan terdiri dari 59 pasal dan beliau naik tahta.
    Akhirnya pada Hari Senin Pon 18 Maret 1940, beliau dinobatkan sebagai putra mahkota.
" Miturut adat Kasultanan Yogyakarta Gusti Raden Mas Dorojatun wis jangkep kesepakatan karo Walanda sebagai kahanan dadi Raja, karo iki ngumumake Gusti Raden Mas Dorojatun dadi putra mahkota dan bakal dadi raja." Ucap Patih mengumumkan di depan seluruh rakyat.
    Gusti Raden Mas terduduk tenang menutup matanya sejenak lalu berdiri dan menyebar pandangannya, kini ia telah menjadi putra mahkota dengan gelar Pangeran Adipati Anom Hamengku Negara Sudibja Radja Putra Narendra Mataram yang kemudian dilajutkan penobatan beliau sebagai Raja dengan gelar Sampeyan Dalem Ingkang Sinuwun Kandjeng Sultan Hamengku Buwono Senopati Ingalaga Ngabdurarrakhman Sayidin Panatagama Kalifatullah Kaping IX.Tak lama setelah penobatan semua rakyat bersorak menyambut raja baru.
" Hidup Sultan....hidup sultan....hidup sultan," rakyat bersorak
"Rakyat rakyatku, saya memang berpendidikan barat tapi pertama tama saya tetap orang Jawa,"ucap sang Sultan mengangkat tangannya pertanda semangat.
     Sang sultan menjalankan tugasnya dengan amanah dan penuh tanggung jawab, dan ketika Proklamasi Soekarno dan Moh.Hatta dikumandangkan pada 17 Agustus 1945, Sang Sultan segera mengambil sikap.Dua hari setelah proklamasi beliau mengirimkan telegram ucapan selamat kepada proklamator.Dan dua minggu kemudian beliau bersama Paku Alam VIII, mengeluarkan maklumat bahwa daerah Yogyakarta adalah bagian dari wilayah Republik Indonesia.
    Dengan maklumat tersebut kini Yogyakarta resmi memasuki abad modernnya, bukan lagi sebuah entitas negara sendiri tetapi  bagian dari negara Republik.Dan semua rakyatnya pun mendukung penuh langkah beliau yang dibuktikan dengan pengabdian yang total.
    Pada awal negara yang baru lahir ini menghadapi tekanan dari pemerintah kolonial yang datang kembali, beliau langsung mengundang para tokoh bangsa untuk pindah ke Yogyakarta.
" Bung, bagaimana jika Yogyakarta menjadi ibukota negara Republik?" tanya Sri Sultan Hamengku Buwono IX.
