Film ini menceritakan tentang seorang laki-laki dewasa dengan cacat mental bernama Yong-gu dan memiliki seorang anak perempuan yang sangat cantik nan cerdas bernama Ye-sung. Hidup keduanya terjalin begitu bahagia.
Suatu ketika Ye-sung sangat menginginkan tas sailor moon berwarna kuning, dikarenakan belum gajian, membuat keduanya hanya bisa melihat tas kuning tersebut dari balik kaca etalase toko.
Namun siapa sangka, tas yang diidamkan oleh Ye-sung tersebut malah dibeli oleh seorang anak perempuan beserta ayahnya. Yong-gu pun bergegas masuk ke dalam toko dan meminta agar tas tersebut tidak dijual, namun hasilnya, dirinya malah ditampar oleh pembeli ransel tersebut.
Keesokan harinya, anak perempuan yang telah membeli tas kuning sailor moon tersebut melihat Yong-gu yang sedang bekerja di tempat parkir sebuah toko. Anak kecil ini ingin memberitahukan dimana toko lain yang menjual tas yang sama dan Yong-gu pun mengikutinya.
Singkat cerita, tiba-tiba anak kecil perempuan tersebut telah terbaring di tanah dan tak sadarkan diri (ternyata telah meninggal).Â
Yong-gu yang melihat kejadian tersebut langsung melakukan CPR, seketika itu juga ada seorang wanita yang tanpa sengaja melihatnya dan langsung melaporkan apa yang dilihat oleh mata kepalanya ke polisi.
Hingga akhirnya, Yong-gu dituduh melakukan penculikan dan pembunuhan. Ternyata ayah dari anak kecil perempuan yang meninggal tersebut merupakan kepala Badan Kepolisian Nasional.Â
Yong-gu pun dipenjara serta dijatuhi hukuman mati. Di dalam penjara, Yong-gu berbagi sel penjara dengan lima narapidana lainnya. Hingga akhirnya mereka semua menjadi sahabat.
Dibalik cerita panjang yang dialami Yong-gu beserta putri kecilnya, Miracle In Cell No. 7Â telah mengajarkan para penikmatnya tentang pelajaran hidup yang begitu berharga dari film ini, seperti:
Pertama, kasih sayang seorang ayah yang takkan pernah pudar
