Penggunaan larutan ekoenzim di bidang lingkungan memberikan kontribusi dalam upaya pengolahan limbah cair dan pemurnian air sungai melalui pemecahan senyawa organik dengan memanfaatkan metabolisme mikroorganisme dalam ekoenzim sehingga dapat menurunkan tingkat polutan dan meningatkan kualitas air.
Dalam meningkatkan kualitas tanah, Enzim dalam larutan ekoenzim membantu menguraikan bahan organik di dalam tanah, membuat nutrisi lebih mudah tersedia bagi tanaman. Ini menghasilkan tanaman yang lebih sehat dan lebih kuat, sekaligus mengurangi kebutuhan akan pupuk sintetis yang dapat menimbulkan efek negatif.
Selain itu, proses pembuatan ekoenzim dapat bermanafaat dalam peningkatan kualitas udara. Menurut Joean, selama proses pembuatan ekoenzim, dihasilkan ozon (O3) yang bermanfaat dalam mengurangi karbon dioksida (CO2) dan logam berat di udara. Gas yang dihasilkan selama pembuatan ekoenzim sangat berperan dalam menurunkan efek rumah kaca dalam menyebabkan global warming. Pembuatan ekoenzim juga dapat mengubah amonia (NH3) menjadi nitrat (NO3) dan mengubah karbon dioksida (CO2) menjadi karbonat (CO3) yang bermanfaat bagi tanaman dan kehidupan di laut. Tidak adanya bahan-bahan kimia yang terkandung dalam ekonzim membuat ekoenzim mudah terurai serta tidak berbahaya bagi manusia dan lingkungan.
