Karena ajakan hijrah dari rombongan Demak tidak berterima maka pecahlah perang, Demak melawan Majapahit. Para sunan yang berada di kubu Demak pun ikut membantu Raden Patah dan Aryadila. Mereka ikut memimpin pasukan/orang-orang dari daerahnya masing-masing, ada yang dari Cirebon, Undung, Kudus, Bonang, juga Palembang.
Sementara itu, sebagai senopati/pemimpin seluruh pasukan gabungan ditunjuklah Sunan Undung. Ia memimpin pasukan gabungan/aliansi Demak dan kerajaan-kerajaan Islam melawan pasukan Majapahit.
Gemuruh perang menggelegar. Bunyi-bunyian bende tanda strategi perang saling sahut-menyahut. Di waktu yang telah ditentukan, Sunan Undung, senopati pasukan gabungan Demak pun mesti tewas di tangan Senopati Majapahit, Dipati Teterung.Â
Pemimpin pasukan gabungan lalu diserahkan ke Sunan Kudus. Di bawah komando Sunan Kudus inilah para sunan lalu mengeluarkan seluruh pusaka magisnya, ada yang mengelurkan peti jimat gelap gulita yang mampu menelan cahaya, keris ajaib yang bisa mengeluarkan ribuan lebah penyengat, batok ajaib yang mampu mengeluarkan sepasang tikus pengganda diri jika mati, dll.
Singkat cerita Majapahit pun kalah. Warga dan keluarga kerajaan lari, bubar tunggang langgang. Sebagian warga Majapahit dan keluarga keraton ada yang masuk Islam, sementara sebagian lainnya menjadi tahanan perang. Adapun raja Majapahit, Brawijaya dan para permaisuri dikisahkan moksa, ngahiyang dari pandangan mata.
Di detik inilah Demak secara resmi maju menggantikan Majapahit di panggung sejarah Nusantara. Dengan pemimpin atau rajanya yaitu Raden Patah, seorang putra dari Raja Brawijaya atau Raja Majapahit itu sendiri.
Walau demikian, wilayah Majapahit belum seutuhnya tunduk pada Demak. Prabu Kediri, Grindhra Wardana pemimpin bagian lain kerajaan Majapahit secara tegas menolak takluk kepada Demak. Ia pun mendeklarasikan diri bahwa Majapahit belum sirna dan kini ia bertempat di Kediri.
- Pewaris Tahta Majapahit
Raden Patah diangkat jadi pemimpin Demak pada akhir tahun 1488 M. Sementara pecahan Majapahit yang dipimpin Grindhra Wardana baru takluk di bawah kekuatan Demak pada tahun 1517 M, selang 29 tahun. Seluruh wilayah Majapahit akhirnya sempurna berada di bawah kekuasaan Demak.
Para sunan dan tokoh yang telah turut andil dalam memenangkan perang Demak-Majapahit lalu mengakui eksistensi Demak dan pemimpinnya yaitu Raden Patah. Mereka kemudian diberi hadiah oleh Raden Patah, ada yang berupa tanah, pusaka/alat perang, gelar kepemimpinan, dll.
Sementara itu, dari banyaknya tokoh yang menerima hadiah ada juga beberapa tokoh yang ternyata menolak hadiah dari Raden Patah tersebut. Mereka adalah Syekh Bentong, Syekh Lemahabang, Syekh Baghribi, dan Syekh Mojoagung. Tidak dijelaskan alasan kenapa mereka menolak hadiah tersebut.
Singkat cerita seluruh sunan kemudian pulang ke tempatnya masing-masing, tak terkecuali dengan Syarif Hidayatullah dan orang-orang Cirebon.
