 Kultur keagamaan bersifat tradisional-humanis yang religus, artinya tradisi ulul albab mengakar kuat, tetapi selalu dinamis dalam pengembangannya. Dengan hadirnya Ma'had Sunan Ampel Al-'Aly telah membangun dua tradisi sekaligus, yaitu tradisi pesantren dan tradisi perguruan tinggi . Nilai-nilai keislaman dengan corak salaf tampak dalam aktivitas keagamaan dan tradisi kampus dengan nalar kritis, penelitian, dan pengembangan diri juga berkembang biak.
Ma'had Sunan Ampel Al-'Aly memiliki kurikulum yang kolaboratif, yakni kurikulum yang menjadisatukan agama dan sosial. Pendirian ma'had secara intensif diharapkan dapat memberikan resonansi dalam mewujudkan lembaga pendidikan tinggi Islam yang ilmiah-religius, sekaligus sebagai bentuk penguatan terhadap pembentukan lulusan yang "intelek-profesional yang ulama' atau ulama' yang intelek-profesional".
Program-program ma'had yang diharapkan mampu membentuk karakter mahasantri, yakni:
1. Shobahul Lughoh.
Kegiatan ini diformat untuk membekali kosa kata bahasa Arab dan Inggris, contoh pembuatan kalimat yang baik dan benar, serta kata-kata bijak berbahasa Arab dan Inggris untuk memotivasi semangat para mahasantri. Namun, kegiatan ini sering dikeluhkan oleh para mahasantri karena dianggap kegiatan yang kurang berfaedah. Selain kosa kata yang disuguhkan para musyrif/ah sudah diketahui oleh para mahasantri, waktu kegiatan yang dimulai dari setelah sholat subuh berjamaah di masjid hingga pukul 06.00 ini terlalu banyak yel-yel dan jargon. Bisa dibilang persentase kegiatan ini adalah 90% yel-yel dan 10% belajar.
2. Ta'lim Al-Afkar Al-Islami.
Ta'lim sebagai media proses belajar-mengajar ini di selenggarakan 2 kali dalam 1 pekan dalam 2 semester pada pukul 06.00-07.30 , diikuti oleh semua mahasantri di masing-masing unit hunian dan diasuh langsung dengan menggunakan metode bandongan dan sorogan. Dengan mempelajari ta'lim afkar secara rutin mahasantri diharapkan mampu menyebutkan hukum dan dalil tentang aktifitas wajib dan keimanan secara komprehensip, serta mengaplikasikannya dalam kehidupan sehari-hari.Â
3. Ta'lim Al-Qur'an.
Ta'lim Al-Qur'an diselenggarakan dua kali dalam sepekan selama dua semester pada pukul 06.00-07.30, diikuti oleh semua mahasantri dengan materi tajwid, qira'ah, terjemah, dan tafsir. Dibina oleh para musyrif, murabbi, dan komunitas HTQ (Hai'ah Tahfidz Qur'an). Capaian ta'lim qur'an ini mahasantri diharapkan mampu membaca Al-Qur'an dengan baik dan benar dan  hafal surat-surat tertentu.
4. Tashih Al-Qur'an.
Tashih Qur'an ini bertujuan untuk membenarkan bacaan A;-Qur'an mahasantri. Kegiatan ini dilaksanakan setiap hari senin hingga kamis setiap minggunya. Dimulai dari 08.00-12.30. Kegiatan ini diasuh langsung oleh para mushohih/ah yang telah memiliki hafalan Al-Qur'an 30 juz. Mahasantri wajib mengkhatamkan Al-Qur'an 30 juz binadzor di hadapan mushohih/ah selama dua semester.
