Selesai mengabdi dalam Pemerintahan, beliau kembali ke dunia akademik yang membesarkan namanya. Kepemimpinan beliau menghantarkanya menjadi pucuk pimpinan tertinggi kampus biru. Beliau menjabat sebagai Rektor Universitas Gadjah Mada antara tahun 1994 sampai dengan tahun 1998. Sebelum jabatannya berakhir, beliau ditunjuk Presiden Soeharto sebagai anggota Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) fraksi utusan daerah.Â
Nama beliau tentu tidak asing di telinga mahasiswa yang pernah mengambil kuliah manajemen. Prof. Soekanto sangat produktif menulis buku-buku di bidang manajemen dan keuangan.  Diantaranya berjudul 'Keuangan Negara (Ekonomi Publik): Teori dan Praktek  (1996)', 'Manajemen Strategi (1990), 'Dasar-Dasar Manajemen (1986)', 'Manajemen Koperasi (1974)'.
Sosok beliau sudah paripurna. Lengkap mengabdi pada dunia akademik maupun dunia praktis dalam Pemerintahan.
Selamat jalan Prof...
Selamat jalan Pak Prof. Soekanto Rekshohadiprojo, kami almamater Gadjah Mada sungguh kehilangan mu. Meskipun kami yakin ilmu yang kau tanamkan pada anak bangsa sudah mengakar kuat, pengabdianmu bagi bumi pertiwi sudah menjulang tinggi. Loyalitas tanpa batas. Selamat beristirahat dengan damai, kembalilah kepada sang Khalik pada momen Jumat Agung ini.
