Sekolah Dasar Kanisius Eksperimental (SDKE) Mangunan merupakan sekolah yang letak bangunan sekolahnya berada di tengah-tengah pemukiman warga Desa Mangunan. Sekolah ini mengedepankan agar siswa berbaur dengan masyarakat.
Konsep ini merupakan gagasan dari Romo Mangun yang ingin mengembangkan model pendidikan memerdekakan dengan pendekatan humanis.
Hal ini diwujudkan dengan membangun sekolah berpola masyarakat pedesaan Jawa sebagai miniatur dari kehidupan masyarakat lokal.
SDKE Mangunan ini dikenal sebagai sekolah yang mengusung kemerdekaan belajar bagi para siswa. Artinya sistem pembelajaran yang tidak kaku di dalam kelas semata tetapi menyatu dengan lingkungan. Oleh karena itu kurikulum yang dikembangkan di SDKE adalah kurikulum PEKIK.
Kurikulum PEKIK merupakan desain pendidikan yang eksploratif, kreatif, integral dan komunikatif pada diri siswa. Semua itu berasal dari pandangan ideologi Romo Y.B Mangunwijaya sebagai penggagas SDKE Mangunan bahwa pendidikan yang baik adalah pendidikan yang memberikan kemerdekaan belajar bagi peserta didik.
Kegiatan pengembangan diri bagi guru banyak dibantu oleh tim R&D (Research & Development) dari yayasan, yang bertugas khusus menjaga agar pembelajaran di SDKE Mangunan tetap sesuai dengan standar agar tercapai tujuan pendidikan yang diinginkan.
Guru juga dibebaskan untuk mengembangkan diri di luar sekolah. Guru juga dimotivasi untuk terus mengembangkan diri dan produktif sehingga ada beberapa guru muda yang aktif melakukan penelitian dan penulisan buku tentang pendidikan.
 Ketiga: Sanggar Anak Alam (SALAM)
Sanggar Anak Alam (SALAM) merupakan sekolah non-formal yang berhasil merancang kurikulumnya sendiri, yaitu kurikulum berbasis riset yang menggunakan lingkungan sebagai media belajar.
SALAM dikenal dengan sekolah kehidupan di mana kurikulum-kurikulum yang diterapkan di lembaga pendidikan ini dirancang berdasar kebutuhan yang ada dalam kehidupan sehari-hari.
Fokus utamanya adalah pendidikan yang bersifat holistik. Pendidikan holistik ini memiliki prinsip bahwa proses tukar menukar ilmu tidak hanya di ruang kelas saja, namun bisa dilakukan di luar kelas, atau di alam bebas.
