Mangun sempat ikut dalam pertempuran di Ambarawa, Magelang, dan Mranggen. Setahun kemudian, dia kembali melanjutkan sekolahnya di STM Jetis dan bergabung menjadi prajurit Tentara Pelajar. Saat menjadi tentara, Mangun melihat sisi buruk perlakuan tentara Indonesia kepada rakyatnya sendiri.
Mangun kemudian berpindah kota untuk melanjutkan pendidikan di SMU-B Santo Albertus di Malang. Karena panggilan untuk melayani di gereja, Mangun kemudian melanjutkan studi di Seminari Menengah Kotabaru di Yogyakarta, Seminari Menengah Santo Petrus Kanisius di Mertoyudan Yogyakarta, dan Seminari Tinggi. Sekolah di Institut Filsafat dan Teologi Santo Paulus di Kotabaru. Pada tahun 1959 Mangun ditahbiskan menjadi Imam oleh Uskup Agung Semarang, Mgr. Albertus Soegijapranata, SJ.
Mangun kemudian mempelajari arsitektur di Teknik Arsitektur  ITB. Beliau juga melanjutkan studi arsitekturnya di Aanhen, Jerman. Lulus tahun 1966, ia kembali ke Indonesia.
Cinta kasih Sang Romo dalam membela rakyat tertindas dilakukan Mangun ketika ia membantu warga Kali Code Yogyakarta dari penggusuran. Ia menyumbang pemikirannya untuk membangun hunian-hunian dengan eksterior yang akrab dengan kondisi sosial-budaya warga setempat, namun tetap indah dipandang. Mangun juga turut membangun mentalitas warga Kali Code untuk tidak membuang sampah sembarangan.
Bagian klimaks dari novel ini yaitu ketika Mangun membela para petani di Kedung Ombo yang digusur karena wilayahnya akan dijadikan waduk. Beliau sedang sakit dan dokter melarangnya beraktivitas karena penyakit jantung. Tapi relawan berkunjung dan minta Romo Mangun masuk Kedung Ombo.
Tentara berjaga-jaga di sekitar Kedung Ombo dan melarang bantuan dari luar. Romo Mangun akhirnya berhasil masuk dan menemui warga Kedung Ombo yang wilayahnya mulai digenangi air, walaupun akhirnya ia harus dikejar-kejar tentara. Warga kemudian menyembunyikan Romo ke perahu, dan ia berhari-hari mengapung sendirian di atas perahu. Dan setelah keadaan mulai tenang, penduduk menjemput Mangun pada hari ketujuh.
"Kekalahan" Mangun dan warga Kedung Ombo menjadi akhir dari novel ini. Jika sebelumnya ia berhasil membantu warga Kali Code, tidak demikian dengan Kedung Ombo. Dengan membaca novel ini, pembaca bisa dibangkitkan semangat berkeadilan dengan berkaca pada apa yang dilakukan Romo Mangun.
