Saat siuman Bourne ternyata mengalami amnesia, ia tidak mengenal dirinya sendiri, ia tidak tahu siapa sebenarnya dia.
Saat hendak diobati lukanya dari balik kulit pinggangnya ditemukan sebuah informasi mengenai simpanan di safe deposit box di sebuah bank di Swiss.
Di safe deposit box itu terdapat paspor dengan foto dirinya dengan identitas bernama Jason Bourne, sejumlah uang dan sepucuk pistol. Penemuan tersebut semakin membuat Bourne bingung, ia tidak ingat asal-usul namanya Jason Bourne, sejak kapan ia mempunyai simpanan di sana, dan untuk apa sejumlah uang dan sepucuk pistol itu.
Setelah itu Bourne mengalami sejumlah peristiwa misterius yang membuatnya semakin bingung sendiri, semakin lama semakin membuatnya penasaran, siapa dirinya sebenarnya, dan kenapa ia bisa sedemikian ahli dengan ilmu bela diri.
Sejumlah orang terus mengejarnya dan ingin membunuhnya, secara refleks ia bisa melawan mereka dengan keahlian bela dirinya yang sangat luar biasa, melumpuhkan dan membunuh mereka semua, termasuk pembunuh bayaran yang paling hebat dari CIA yang berada di setiap film Bourne.
Sembari terpaksa menghadapi musuh-musuhnya yang terus-menerus secara masif memburunya, Bourne pun berusaha keras memulihkan ingatannya, menyelidiki siapa dia sebenarnya, dan siapa otak dari pihak yang menginginkan kematiannya itu, dan kenapa mereka ingin membunuhnya.
Bourne akhirnya berhasil memulihkan ingatannya, juga berhasil mengungkapkan misteri di balik perburuan terhadap dirinya: siapa yang menjadi otak di balik perintah pembunuhan terhadap dirinya, dan mengapa perintah itu dikeluarkan.
Ternyata Treadstone yang terdiri dari beberapa petinggi CIA dengan program maha rahasia mereka bernama Blackbriar-lah yang berada di balik semua itu. Bourne berhasil membongkarnya, dan para petinggi CIA itu pun dijebloskan ke penjara.
Demikianlah sekilas rangkaian kisah Jason Bourne yang terdapat di trilogi Jason Bourne, mulai dari The Bourne Identity(2002), The Bourne Supremacy(2004),danThe Bourne Ultimatum(2007).
Sebenarnya, masih ada lagi satu sequel Bourne yang berjudul  The Bourne Legacy(2012), tetapi film itu tidak menceritakan tentang Jason Bourne, melainkan tentang rekannya yang bernasib sama dengannya bernama Aaron Cross (Jeremy Renner).
Pada 2007 setelah menyelesaikan The Bourne Ultimatum,ketika ditanya mengenai kelanjutan sequel film itu, Matt Damon pernah mengatakan bahwa dia tak akan mau bermain lagi sebagai Jason Bourne jika film itu tidak disutradarai oleh Paul Greengrass lagi. Greengrass adalah sutradara untuk film The Bourne Supremacy dan The Bourne Ultimatum.
