Serangan tak terduga yang dilancarkan secara sangat luar biasa dengan pola bak serangan segerombolan lebah itu berhasil menghancurkan Enterprise sampai terjatuh di sebuah planet asing bernama Altamid. Saat menyelamat diri pesawat-pesawat penyelamat meninggalkan Enterprise, Kapten Kirk dan para kru pun berserakan terpisah satu dengan yang lainnya.
Terdampar di planet asing itu, salah satu awak Enterprise, Scotty bertemu dengan Jaylah  (Sofia Boutella), sebuah karakter baru alien yang belum ada di kisah-kisah Star Trek sebelumnya, hasil kreasi dari salah satu penulis naskah, Simon Pegg yang juga berperan sebagai Scott itu.
Jaylah adalah alien prajurit wanita berkulit pucat pasi, rambut panjang putih, yang memiliki keahlian beladiri yang fantastis, berperan penting membantu Kapten Kirk dan seluruh awak Enterprise melawan Krall, dan keluar dari planet itu.
Jaylah juga merupakan musuh bebuyutan Manas, karena Manas adalah pembunuh ayahnya. Salah satu adegan seru film ini adalah pertarungan satu lawan satu antara Jaylah melawan Manas.
Krall  dan Manas adalah alien misterius yang mempertahankan hidupnya dari menghisap zat kehidupan dari manusia atau makhluk hidup lain.
Kral menyerang Kapten Kirk dan para krunya itu untuk memperoleh sebuah artefak yang ada di Enterprise. Artefak itu sangat penting bagi Krall untuk dipakai sebagai pembuka kunci serangan ke York Town untuk menghancurkannya.
Ternyata Krall, demikian juga Manas mempunyai dendam membara masa lalu kepada Starfleet United Federation of Planets, yang akan terungkap secara mengejutkan di tiga perempat film. Inilah bagian dari twist yang sangat mengejutkan di film tersebut.
Idris Elba sendiri pernah memberi petunjuk tersamar mengenai twist tentang super villain yang diperaninya itu.
"Jika Anda sudah tahu kenapa (Krall menjadi sedemikian jahatnya), maka dia bukan lagi seorang monster. Ada alasan untuk segala perbuatan yang dilakukannya itu terhadap Federasi," kata Elba.
