1. Â Â Â Makam Kanoman
Makam kanoman merupakan makam yang penempatannya berada di area depan kompleks pemakaman tepatnya di sebelah timur dengan gapura paduraksa menghadap ke Selatan. Makam ini merupakan area yang tergolong masih muda sehingga gaya arsitektur makam ini cenderung lebih modern dengan penggunaan jirat keramik dan ragam hias yang jauh lebih modern. Area makam ini merupakan area persemayaman yang dikhususkan untuk para cicit yang masih dalam garis keturunan keningratan Majapahit dimana kalangan bangsawan ini terdiri atas non – profesi maupun profesi seperti politikus, TNI, dll.
2. Â Â Â Makam Kasepuhan
Makam Kasepuhan terletak di utara gapura paduraksa tengah. Makam ini berhadapan langsung dengan monumen batu yang berisikan identitas Sunan Botoputih dan Sultan Banten XVII. Area ini turut dipergunakan sebagai pusat dari pasarean Agung Sentono Botoputih. Halaman makam ini masih terbuat dari block paving dan ada cungkup yang lantainya berbahan dasar marmer krem selain itu bentuk bangunan di makam ini masih cenderung kuno dimana ornamen yang digunakan juga masih kebanyakan berasal dari zaman Hindu-Buddha. Area ini digunakan sebagai tempat peristirahatan terakhir bagi para tokoh – tokoh penyebar islam dan tokoh – tokoh berpengaruh pada saat itu, oleh karena itu kalangan keningratan yang berasal dari generasi baru sekitar tahun 1960-an ke atas tidak boleh dimakamkan di area ini.
3. Â Â Â Makam Kaningratan
Makam Kaningratan terletak diluar area kompleks pemakaman Kanoman dan Kasepuhan, bentuk dan corak jirat nisan di area ini cenderung bercampur-campur hal ini terjadi dikarenakan adanya  berbagai macam agama seperti Islam, Kristen, dan agama lainnya. Jirat nisan juga ada yang bermotif kejawen, Islam, modern maupun kuno. Untuk memetakan tanah di area pemakaman ini kurang beraturan karena makam ini masih digunakan sebagai tempat persemayaman bagi para pejabat pemerintahan seperti bupati, panglima, politikus yang memiliki darah keningratan.
4. Â Â Â Makam Habib Syekh bin Ahmad bin Abdullah Bafaqih
Makam Habib Syekh sendiri merupakan makam yang tidak memiliki gapura, hal ini dikarenakan makam Habib Syekh tidak termasuk dalam bagian keningratan, Letak makam ini merupakan hasil dari pengambilan porsi keningratan yang pada saat itu merupakan sebuah hadiah murid kepada guru, yakni Sang Adipati pertama di Surabaya, dimana kemudian seiring berkembangnya waktu, juru kunci dari makam ini dipisahkan dan makam Habib Syekh ini kemudian memiliki kepengurusan sendiri.
Tantangan dan Upaya Pelestarian Makam Sentono Boto Putih
Makam Sentono Boto Putih merupakan makam yang mendapati banyak sekali tokoh yang berpengaruh. Selain itu tokoh-tokoh tersebut memiliki beragam etnis serta latar belakang yang berbeda-beda. Tentu saja pemakaman ini sudah lama sekali umur nya dan perlu diadakan sebuah tindakan untuk menjaga keutuhannya. Selain itu, penting melestarikannya karena tempat ini merupakan tempat yang bersejarah dan memiliki nilai wisata religi yang baik apabila lebih dikembangkan. Tentu saja hal ini tidak dapat lepas dari tantangan yang akan dialami yaitu: