"Melalui studi terhadap hewan, ditemukan bahwa sel tersebut yang selanjutnya berkembang menjadi kardiomiosit dan dapat meningkatkan fungsi ventrikel kiri jantung." (Hilman Zulkifli Amin, 2005)
Kelemahan dari penggunaan sel punca jantung adalah sampai saat ini, data tentang keberadaan sel ini langka. Subset sel punca ini tampaknya sangat terbatas jumlahnya, sulit untuk mengidentifikasi dan berkembang dalam kultur sehingga banyak kesulitan dalam reproduksi eksperimen mengenai proses isolasi dan transplantasi. Selain itu, pada saat ini belum dapat diketahui dengan jelas letak dan penanda sel punca jantung yang membedakan dengan sel-sel lain.
Kelemahan pada penggunaan sel punca embrionik adalah dalam beberapa penelitian menggunakan subjek percobaan tikus, beberapa sel kardiomiosit atau sel punca di dalam cawan petri yang telah berkembang mengalami kematian setelah dicangkokkan pada jantung tikus. Hal ini menunjukkan bahwa penerapan sel punca embrionik belum dapat digunakan secara luas karena presentase kegagalan masih besar. Selain itu sel punca embrionik memiliki daya pembiakan sel yang tinggi sehingga dapat beresiko menimbulkan tumor pada jantung.
Penggunaan sel punca satelit (myoblast skeletal) merupakan pengaplikasian pengobatan kerusakan jantung yang paling efektif sejauh ini. Sel punca satelit (myoblast skeletal) berasal dari otot rangka. Sel otot rangka satelit pada kultur dapat mengalami pembelahan diri secara berlimpah, dan dapat dengan mudah tumbuh dari pasien sendiri dengan demikian meminimalkan penolakan imun oleh tubuh.
"Mioblast relatif resisten terhadap iskemi (dibandingkan dengan kardiomiosit yang menjadi rusak dalam waktu 20 menit) karena mioblast dapat bertahan beberapa jam dari proses iskemia berat tanpa terjadi cedera yang ireversibel." (Djanggan Sargowo,2007)
Hal ini menunjukkan bahwa sel-sel satelit yang berasal dari otot rangka ini memiliki ketahanan yang lebih kuat dari otot jantung itu sendiri sehingga ketahanan pasien terhadap kerusakan jantung kelanjutan lebih kecil presentasenya. Namun, belum diketahui lebih lanjut perkembangan sel mioblast yang ditanam di jantung akan mengalami perumbahan menjadi sel-sel otot jantung atau tetap sebagai sel-sel mioblast yang menambal kerusakan. Maka, penananaman sel mioblast pada jantung memiliki pengaruh yang lebih efektif dari penanaman atau transplantasi sel punca yang lain, tetapi perlu adanya penelitian lebih lanjut untuk menganalisis penggunaan sel punca satelit yang benar serta kelemahan dan kelebihan penggunaan sel punca satelit.
Sel sum-sum tulang dewasa juga memiliki pengaruh yang besar terhadap perbaikan jantung yang rusak. Hal ini diperjelas lagi dengan percobaan pada tikus yang menyatakan bahwa sel sum-sum tulang yang ditanam pada jantung tikus mengalami diferensiasi menjadi miosit dan pembuluh darah koroner maka memperbaiki fungsi jantung yang rusak. Dalam sel sum-sum tulang dewasa terdapat juga hormon pertumbuhan sitokin, dengan adanya hormon pertumbuhan ini sel sum-sum tulang yang ditanam pada jantung yang rusak akan mempercepat perbaikan kerusakan jantung. Sel sum-sum tulang bila diteliti lebih lanjut merupakan hasil dari beberapa sel yang tumpang tindih, antara lain sel punca satelit (myoblast skeletal), sel punca mesenkim, sel punca darah, sel progenitor endothelial. Masing-masing dari ke empat sel tersebut adalah sel punca yang berpotensi untuk memperbaiki jaringan pada jantung yang rusak. Dengan adanya sel-sel tersebut, otomatis proses perbaikan jantung semakin cepat.
Kekurangan dalam pengaplikasian sel sum-sum tulang pada perbaikan jantung manusia masih dipertanyakan banyak pihak karena percobaannya memakai subjek percobaan tikus. Studi awal tentang transplantasi sel sum-sum tulang dan hormon sitokin pada jantung manusia cenderung lebih mengakibatkan cedera dan komplikasi.
Tampaknya sel sum-sum tulang menyediakan penyembuhan yang efektif, namun ada alternatif penggunaan sel punca yang lain yaitu sel punca mesenkim. Sel punca mesenkim sebenarnya merupakan sel yang terdiri dari sel adiposa (lemak), sel darah tapi pusar, dan sel sum-sum tulang. Maka kemampuan sel mesenkim untuk berdiferensiasi dan memperbaiki jaringan jantung lebih mudah dan cepat karena pengaruh sel-sel punca yang menjadi satu.
"Mekanisme perbaikan jaringan atau organ yang rusak melalui aplikasi sel punca melalui dua tahap yaitu diferensiasi sel punca dan produksi faktor sel punca itu sendiri." (Hilman Zulkifli Amin, 2005)
Pada prakteknya, berbagai sel punca seperti sel punca jantung, sel punca embrionik, sel punca dewasa, sel punca satelit (myoblast skeletal), sel sum-sum tulang dewasa, dan sel punca mesenkim terletak pada organ yang berbeda-beda dan memiliki fungsi yang berbeda dari fungsi jaringan yang terdapat pada jantung. Maka diperlukan terjadinya diferensiasi sel punca tersebut sehingga bila ditanam pada jantung yang rusak, sel punca dapat menyusun struktur jantung dan melakukan fungsi jantung tersebut. Selain itu, keberhasilan penanaman sel punca pada jantung yang rusak ditandai dengan berkembangnya sel punca yang ditanam tumbuh menjadi satu dengan jaringan jantung tersebut. Hal ini dapat terjadi bila ada pembelahan sel-sel punca menjadi sebuah jaringan yang dapat menutup kerusakan jantung.
