Kedekatan AD dengan Amerika Serikat menjadi salah satu cara PKI menyebarkan propaganda betapa “kapitalisnya” perwira Angkatan Darat hingga puncaknya ketika keluar sebuah dokumen palsu yang bernama Dokumen Gilchrist yang berisi informasi palsu tentang adanya “Dewan Jenderal” yang harus segera “dibereskan”. Oleh karena itu ketika para Jenderal “lulusan barat” seperti Ahmad Yani, S.Parman, M.T Haryono, dan D.I.Panjaitan turut menjadi korban pembantaian PKI, Amerika Serikat segera “mengamuk” dengan kejadian tersebut dan segera merespon untuk apa yang telah terjadi.
Dalam majalah Tempo pada bagian bab yang berjudul Sukendro,Adam Malik,dan Tas Hitam disebutkan oleh Kathy Kadane, seorang wartawan asal Amerika Serikat bahwa CIA melalui Robert.J.Martens sebagai staf bagian politik di Kedubes Amerika Serikat yang berada di Jakarta telah menyerahkan daftar berisi 5000 nama "orang PKI" yang harus segera ditangkap dan dibereskan dimana daftar tersebut diserahkan kepada Kim Adhyatman, asisten Adam Malik yang kemudian daftar tersebut diserahkan kepada Adam Malik, meskipun Kim Adhyatman dalam wawancaranya dengan Tempo pada tahun 1990 membantah bahwa "dia tidak menerina daftar orang sebanyak itu".
Selain daftar nama, CIA melalui Kedubes Amerika Serikat juga mengirimkan bantuan peralatan komunikasi kepada AD. Dalam wawancaranya dengan Tempo,Bernardo Hugh Tovar yang merupakan Kepala Kantor CIA di Jakarta pada tahun 1965 mengatakan bahwa Kedubes Amerika mengirimkan bantuan semua peralatan komunikasi kepada Soeharto melalui atase militer.
Selain peralatan komunikasi, Amerika Serikat juga mengirimkan berbagai bantuan obat-obatan yang konon dibalik kotak obat-obatan tersebut adalah senjata ringan yang diselundupkan untuk rakyat sipil dan organisasi rakyat lainya yang akan digunakan untuk membasmi PKI.
Terlepas dari apakah CIA benar-benar menyerahkan daftar 5000 "orang PKI" tersebut atau tidak ? Pada kenyataanya dalam kurun waktu 2 tahun dari tahun 1965-1966 telah terjadi penangkapan dan eksekusi mati terhadap ratusan ribu anggota PKI yang jumlahnya jauh melebihi target "5000 orang PKI" tersebut. Bukan hanya tentara AD yang turut membasmi PKI, bahkan rakyat sipil dan organisasi rakyat lainya juga mendapat pelatihan militer dari AD dibawah Letkol Sarwo Edhie Wibowo untuk melakukan pembunuhan dan perburuan terhadap semua orang yang dianggap PKI. Tercatat sudah berapa puluhan ribu orang yang "dikomuniskan" dan ditahan tanpa proses pengadilan bahkan banyak yang langsung dibunuh dengan cara apapun.
Ditangkapnya semua loyalis-loyalisnya membuat posisi dan kedudukan Soekarno sebagai Presiden semakin lemah. Kondisinya yang mulai sakit-sakitan ditambah dengan ketidakpercayaan rakyat kepadanya membuatnya semakin terpojok. Ketika seluruh rakyat dan mahasiswa mulai melakukan demonstrasi besar-besaran untuk membubarkan PKI dalam 2 tahun terakhir serta pengaruh Soeharto dan AD yang semakin kuat membuat CIA yakin bahwa Soekarno akan segera menemui kejatuhanya.
Benar saja, pada tanggal 11 Maret 1966, Soekarno menanda tangani sebuah surat yang terkenal dengan nama Supersemar yang menandai penyerahan kekuasaan darinya kepada Soeharto. Surat tersebut yang resmi melengserkan Soekarno dari kekuasaanya dan menaikan Soeharto ke tampuk kekuasaan sebagai Presiden.
Dalam selang setahun semenjak Soeharto menjadi Presiden, Amerika Serikat berhasil menguasai tambang emas di Papua yang kelak akan bernama Freeport dan selama puluhan tahun lamanya, hubungan Indonesia dan Amerika Serikat serta blok barat lainya menjadi sangat harmonis yang menandai arah perubahan politik Indonesia dari timur ke barat.
Layaknya penembak sniper, CIA memang sangat sabar menunggu waktu dan momen yang tepat untuk "menembak jitu" Soekarno. Pada akhirnya Soekarno hanya menjadi bayang-bayang semata selama masa Orde Baru.
