Salah satu risiko yang akan timbul dengan adanya pemakaian digital money tersebut adalah risiko keamanan. Pada dasarnya, aspek keamanan dan kenyamanan menjadi faktor pertimbangan utama bagi pelaku transaksi. Berikut ini adalah risiko keamanan yang mungkin timbul karena pemakaian digital money:
- Pencurian
Bentuk kejahatan E-Money yang paling sederhana adalah dengan mencuri Kartu E-Money milik orang lain untuk kemudian menggunakan dana yang masih tersisa. Pencurian juga dapat dilakukan oleh oknum penyelenggara E-Money, misalnya dengan melakukan pengisian dana secara tidak legal. Pencurian juga bisa dilakukan misalnya dengan cara mencuri kunci cryptographic tanpa sepengetahuan perusahaan.
- Duplication of devices
Risiko kejahatan ini merupakan upaya untuk membuat duplikasi dari kartu asli, sehingga dapat digunakan untuk melakukan transaksi pembayaran sebagaimana kartu asli. Jenis kejahatan ini cukup rumit dan dilakukan oleh oknum yang memiliki tingkat keahlian teknis tinggi. Karena pelaku harus memiliki berbagai tipe chip serta operating system yang persis sama dengan kartu asli.
- Alteration or duplication of data/software
Risiko ini merupakan Risiko kejahatan melalui upaya perubahan atau modifikasi data atau aplikasi yang ada pada kartu asli, sedemikian rupa sehingga pelaku memperoleh keuntungan finansial. Misalnya menambah dana E-Money atau merubah sistem internal aplikasi, sehingga prosedur perhitungannya tidak bekerja sebagaimana mestinya. Bisa juga melalui 'physical attacks' terhadap chip itu sendiri.
- Alteration of message
Risiko ini melalui upaya perubahan/intervensi ketika data elektronis/message dikirim, pada saat transaksi berlangsung. Potensi risiko ini, lebih mungkin terjadi ketika E-Money digunakan untuk pembayaran melalui internet.
- Penyangkalan transaksi (repudiation)
Penyalahgunaan lainnya dalam penyelenggaraan E-Money adalah penyangkalan transaksi. Potensi risiko adalah pada E-Money berbasis software dan menggunakan pengiriman message saat transaksi melalui jaringan internet.
- Malfunction
Risiko malfunction dapat berupa data corrupt atau hilang, tidak berfungsinya aplikasi atau kegagalan dalam pengiriman message. Risiko malfunction ini dapat diakibatkan oleh gangguan fisikal maupun elektronis pada instrumen atau karena adanya interupsi saat pengiriman message antara para pihak yang bertransaksi.
Yang paling mudah dilakukan oleh oknum yang tidak bertanggungjawab adalah mengambil atau mencuri uang elektronik tersebut. Karena tidak memakai pin menyebabkan keamanannya yang rendah, memudahkan orang lain yang bukan pemiliknya, mudah menggunakan uang eletronik tersebut. Untuk menanggulangi risiko ini, seharusnya bank membuat ciri khusus atau identitas khusus untuk pemilik uang elektronik, agar tidak mudah untuk disalahgunakan.
Langkah-langkah dalam memitigasi risiko tersebut harus dilakukan oleh tiap-tiap lembaga. Bank Indonesia sebagai Bank Sentral dan pembuat kebijakan telah menerbitkan Surat Edaran Bank Indonesia Nomor 16/11/DKSP tanggal 22 Juli 2014 perihal Penyelenggaraan Uang Elektronik (Electronic Money) yang  menitahkan bahwa ada penggantian untuk uang-el registered yang hilang tetapi tidak berlaku untuk uang-el unregistered.
Yang dimaksud dengan uang-el registered adalah uang-el yang data identitas pemegangnya terdaftar dan tercatat pada penerbit. Fasilitas apa yang terdapat di dalamnya? Katakanlah, registrasi pemegang, pengisian ulang, pembayaran transaksi, pembayaran tagihan (yang bersifat rutin atau berkala seperti tagihan listrik, air, telepon dan/atau lainnya), transfer dana, tarik tunai, penyaluran program bantuan pemerintah kepada masyarakat dan fasilitas lain berdasarkan persetujuan dengan Bank Indonesia.
Sebaliknya, uang-el unregistered adalah uang-el yang data identitas pemegangnya tidak terdaftar dan tercatat pada penerbit. Uang-el itu memiliki fasilitas seperti pengisian ulang, pembayaran transaksi, pembayaran tagihan (yang bersifat rutin atau berkala seperti tagihan listrik, air, telepon dan/atau lainnya) dan fasilitas lain berdasarkan persetujuan dengan Bank Indonesia.
