Undang-Undang BPJS sudah mengatur, bahwa BPJS Kesehatan maupun Ketenagakerjaan, dalam sistem keuangannya menggunakan dua pembukuan.
Pembukuan pertama adalah yang terkait Dana Badan. Yaitu dana dan asset BPJS Kesehatan yang dikelola oleh BPJS Kesehatan untuk kepentingan operasional ( belanja pegawai maupun non pegawai), dalam rangka agar Manajemen BPJS Kesehatan berjalan secara profesional. BPJS Kesehatan diperkenankan untuk mengembangkan asset dan dana badan tersebut agar tetap tersedia cukup untuk kepentingan operasionalnya.
Karena belanja operasional cukup besar, apalagi sekarang ini lebih dari 7.000 karyawan BPJS Kesehatan, tentu kalau dari dana Badan tidak cukup.  UU BPJS memperkenankan BPJS Kesehatan mendapatkan sejumlah persentase tertentu ( di bahas  bersama dengan Kemenkeu dan DJSN), dari Dana Jaminan Sosial (DJS), yang besarnya ditetapkan setiap tahun anggaran.
Pembukuan kedua, adalah pembukuan Dana Jaminan Sosial (DJS), yang bersumber dari iuran peserta dan PBI yang dibayarkan pemerintah. Â Tahun 2018 ini proyeksi DJS yang diperoleh sebesar 80 Triliun, sedangkan pengeluaran untuk pembiayaan FKTP dan FKTL sekitar 87 Triliun. Sehingga perhitungan sementara defisit DJS sekitar 7 Triliun.
Karena model pembayaran ke Faskes, tutup lobang dan gali lobang baru, dan akumulasi defisit 3 Â tahun terakhir ini, maka kita semua sudah membaca dari berbagai media, pihak BPJS Kesehatan sudah menunggak pembayaran DJS ( klaim Faskes), rata-rata 3 bulan dan sudah bergerak ke arah 4 bulan.
Bahkan saat ini sesuai dengan Perpres Nomor 111/2013, Tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 12 Tahun 2013 Tentang  Jaminan Kesehatan, pada pasal 38:
(1) BPJS Kesehatan wajib membayar Fasilitas Kesehatan atas pelayanan yang diberikan kepada Peserta paling lambat: a. tanggal 15 (lima belas) setiap bulan berjalan bagi Fasilitas Kesehatan tingkat pertama yang menggunakan cara pembayaran praupaya berdasarkan kapitasi; dan  b. 15 (lima belas) hari sejak dokumen klaim diterima lengkap bagi Fasilitas Kesehatan rujukan tingkat lanjutan.
(2) BPJS Kesehatan wajib membayar ganti rugi kepada Fasilitas Kesehatan sebesar 1% (satu persen) dari jumlah yang harus dibayarkan untuk setiap 1 (satu) bulan keterlambatan.
Agar tidak menjadi persoalan hukum, maka telah dibuat kebijakan untuk membayarkan denda dan tunggakan tagihan klaim faskes, dengan menggunakan fasilitas kerjasama dengan perbankan.
Hal ini disampaikan pihak BPJS Kesehatan melalui  Kepala Hubungan Masyarakat (Humas) BPJS Kesehatan M. Iqbal Anas Ma'ruf mengatakan skema kerja sama dengan perbankan adalah anjak piutang di mana BPJS Kesehatan menyerahkan tagihan faskes yang telah diverifikasi kepada perbankan. "Bank yang nanti memberikan pembayaran faskes terlebih dahulu setelahnya kami yang bayar kepada bank. Besarnya saya belum bisa sebutkan," ujar M. Iqbal Anas Ma'ruf kepada CNBC Indonesia, Kamis (13/9/2018).
Iqbal menambahkan skema ini untuk menghindari denda yang harus dibayarkan BPJS Kesehatan jika terlambat membayar tagihan klaim. Dalam aturannya BPJS Kesehatan harus membayar denda sebesar 1% per bulan jika telat memenuhi kewajibannya kepada faskes.
