Umumnya materi ajar di Dayah seputar kitab kuning atau Arab gundul yang membahas secara mendalam tentang ilmu agama. Mulai dari masalah tauhid, fiqih, muamalah, dan tasawuf. Didalamnya juga dirincikan tentang kepemimpinan dan sejarah Islam.
Kitab-kitab pegangan utama merupakan karangan ulama-ulama besar Islam. Dayah di Aceh sendiri lebih dominan bermazhab Syafi'i atau ahlussunah waljamaah. Kurikulum tersebut telah digunakan sejak ratusan tahun dan tidak ada penyimpangan pada amalannya.
Dayah di Aceh adalah pelopor pendidikan agama Islam di Indonesia bahkan di Asia Tenggara, yang berfokus untuk mencetak ulama dan pendidikan umat. Dayah Cot Kala merupakan Dayah pertama di Aceh bahkan di Asia Tenggara.Â
Prof. Ali Hasyimi seorang Sejarawan Aceh, berpendapat bahwa Dayah masuk ke Aceh sejak awal berdirinya Kerajaan Islam Pereulak pada Muharram 225 H/840 M. Hal ini ia tuangkan dalam jurnal penelitian yang dilakukannya.
Sejak berdirinya Dayah Islam diberbagai penjuru Aceh yang saat ini sudah mencapai usia 1.181 tahun kokoh mempertahankan sistem pembelajaran secara tradisional yakni membaca, mensyarah, dan mengamalkan. Hampir tidak ada pengembangan ilmu secara lebih mendalam dan luas diluar kitab-kitab yang diajarkan di tersebut.
Secara kelembagaan, Dayah juga mengalami pasang surut. Perkembangan Dayah pernah mengalami kemunduran terutama pada masa kolonial atau penjajahan, baik masa Belanda maupun Jepang. Mereka melakukan berbagai cara untuk menghambat kemajuan pendidikan umat terutama pendidikan Islam.
Belanda sangat kuatir terhadap semangat ulama membela agama dan melawan penjajahan. Ulama sangat berperan menggerakkan perang jihad fisabilillah untuk melakukan perlawanan terhadap Belanda.
Oleh karena itu bermacam propaganda pun dilancarkan untuk melemahkan fungsi Dayah sebagai pusat pendidikan umat. Salah satu propaganda paling terkenal yang dilakukan pihak Belanda yaitu kehadiran Snouck Hurgronje yang berpura-pura menjadi ulama.
Masa kemunduran Dayah juga dialami pada masa paska kemerdekaan, tepatnya pada zaman orde baru. Ketika itu Aceh sedang dilanda konflik berdarah yang mengakibatkan Dayah menjadi lumpuh.
Saat konflik antara GAM dan TNI, Dayah menjadi sasaran untuk dilemahkan. Sama seperti kekuatiran Belanda, pihak pemerintah orde baru merasa takut jika kekuatan Dayah bangkit untuk melawan.
Selain banyak Dayah yang sengaja dibakar, dirusak, dan dimasukkan dalam daftar merah. Ulama, santri, dan guru pengajar juga mendapatkan perlakuan yang tidak senonoh. Ada yang dibunuh, dipukuli, dan diancam tembak ditempat.
