Singkat cerita, masa pendudukan Aceh oleh militer Indonesia kemudian diakhiri setelah masa orde baru tumbang, bersamaan dengan turunnya Soeharto dari tampuk kekuasaan, yang kemudian Indonesia di pimpin oleh Presiden B.J. Habibie pada era 1998 yang mulai terjadinya gerakan reformasi.Â
Lalu pada tahun 1999 terjadi kekacauan di Jawa dan situasi Ibu Kota yang belum stabil telah memberikan kesempatan bagi kelompok GAM di Aceh untuk meningkatkan skala pemberontakan kembali. Padahal tahun 1999 pemerintah Indonesia telah melakukan penarikan militernya dari Aceh. Namun karena situasi dan kondisi keamanan yang memburuk kemudian Presiden Indonesia mengirimkan pasukan TNI kembali ke Aceh.Â
Masa Perdamaian.
Kata pepatah, "sepanjang-panjangnya jalan pasti ada ujungnya," mungkin inilah yang disebut dengan "habis gelap terbitlah terang" terjadi di Aceh.Â
Kali ini Tuhan benar-benar memperlihatkan kekuasaannya. Barangkali Tuhan sudah muak melihat perilaku manusia yang saling membunuh dan berperang dengan sesama saudaranya, lalu Tuhan ingin menghentikan semua itu dengan cara Nya sendiri.Â
Saat itu, hari minggu pagi tanggal 26 Desember 2004 pukul 08.05 WIB, bumi Aceh digoyang dengan getaran gempa bumi dahsyat, dengan kekuatan 9,8 SR menghancurkan Aceh dan meruntuhkan seluruh bangunan rata dengan tanah.Â
Gempa bumi terdahsyat sepanjang sejarah Aceh yang diikuti dengan tumpahnya air laut kedaratan Aceh yang menyapu seluruh rumah-rumah, puing-puing reruntuhan bangunan yang telah hancur akibat ayunan gempa bumi bersamaan dengan ratusan ribu nyawa manusia, telah menyadarkan pemimpin GAM dan Pemerintah Indonesia untuk berpikir ulang tentang misi kemanusiaan dan perdamaian.Â
Dibawah kepemimpinan Presiden SBY dan Wakilnya Jusuf Kalla yang terpilih pada pemilu 2004 beberapa kali mengumumkan bahwa perdamaian harus segera dilakukan, jika tidak maka pembangunan kembali Aceh dari puing-puing tsunami mustahil dapat dilakukan.Â
Presiden SBY dan JK pun menyusun berbagai kebijakan pemerintah untuk mendorong terjadinya proses perundingan perdamaian dengan kelompok separatis bersenjata Gerakan Aceh Merdeka (GAM) untuk mengakhiri konflik dan sengketa politik pemberontakan.Â
Dengan bantuan fasilitator dari sebuah lembaga Internasional akhirnya perdamaian antara GAM dan Pemerintah Indonesia berhasil dicapai. Pada tanggal 15 Agustus 2005 perjanjian damai pun ditandatangani oleh kedua belah pihak di Helsinki, Finlandia.Â
Fase tersebut menandakan kembalinya Aceh kepangkuan ibu pertiwi Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI), dibawah naungan Pancasila dan UUD 1945 sebagai falsafah ideologi bangsa Indonesia dari Sabang sampai Mereuke.Â