Musim berikutnya Persibo promosi ke LSI bersama Deltras dan Semen Padang. Sayang, keberhasilan itu diraih pada waktu yang tidak tepat karena PSSI tengah bergolak.
Pada saat bersamaan, sejak Januari 2011 digulirkan satu kompetisi baru bernama Liga Primer Indonesia (LPI). Sebuah liga sempalan yang pengelolaan maupun klub-klub pesertanya tidak berada di bawah PSSI.
Karena satu dan lain alasan, Persibo lebih memilih bergabung dengan LPI yang baru saja bergulir. Mereka meninggalkan LSI yang baru memainkan beberapa pertandingan.
Persibo tidak sendirian. Langkah sama ditempuh pula oleh Persema Malang dan PSM Makassar yang merupakan sesama kontestan LSI, lalu menyusul Persebaya Surabaya dari Divisi Utama.
Akibatnya, keempat klub tersebut mendapat sanksi berat dari PSSI. Persibo, Persema, dan PSM didegradasi paksa ke Divisi Utama. Sedangkan Persebaya diturunkan ke Divisi Satu.
Konflik internal PSSI bertambah panas. Sempat berjalan dua liga secara bersamaan, yakni LSI yang diakui PSSI dan LPI yang dilabeli sebagai breakaway league.
Situasi berbalik manakala Prof. Djohar Arifin Husin terpilih sebagai Ketua Umum PSSI. LPI memang dihentikan, tetapi sebagai gantinya digelar Liga Prima Indonesia yang diakui sebagai kompetisi resmi di bawah federasi. Adapun LSI jadi liga sempalan.
Perkembangan ini membawa berkah bagi Persibo, PSM, Persema dan Persebaya. Status keempat klub tersebut dipulihkan oleh PSSI di bawah kepengurusan baru.
Tampil di Asia
Konflik antara dua kubu membuat LPI garapan PSSI hanya diikuti 12 klub, dari yang direncanakan 18 tim. Beberapa klub peserta LSI putar haluan dan bergabung dengan LPI, tetapi lebih banyak yang menolak.
Persibo mengakhiri musim 2011-12 di peringkat empat klasemen. Di bawah Semen Padang yang keluar sebagai juara, Persebaya dan Arema.
Namun lagi-lagi hasil lebih baik diperoleh di ajang Piala Indonesia. Persibo keluar sebagai juara setelah di partai final mengalahkan Semen Padang 1-0.
