Kekurangan dari Freeze Drying adalah kapasitas operasionalnya yang cukup kecil. Jika dibandingkan dengan metode pengeringan yang lain kapasitas metode ini tidak melebihi 6 liter. Hal ini disebabkan peralatan yang memungkinkan kondisi vakum dan suhu rendah membutuhkan energi yang lebih besar seiring dengan penambahan volume.Â
Selain itu, Harga alat  dan biaya operasional yang cukup mahal menyebabkan metode ini hanya digunakan untuk pengeringan bahan bahan bernilai tinggi semisal rempah dan tumbuhan herbal dalam pembuatan formulasi parfum.Â
Bila penasaran, salah satu tempat dimana kita dapat mengamati Freeze Dryer adalah laboratorium prodi teknologi pangan IPB University. Sebagai program studi teknologi pangan berakreditasi internasional, kita dapat mengamati bagian bagian mesin dari Freeze Dryer sekaligus bertanya tanya mengenai mekanisme alat ini ke laboran yang ada (tentu dengan proses perizinan terlebih dahulu).
Overall, metode Freeze Drying merupakan metode pengeringan yang unik dengan memanfaatkan pengetahuan yang didapatkan dari diagram fase. Walaupun memiliki beberapa kekurangan, alat ini tidak dapat dipungkiri memiliki kelebihan kelebihan yang khas dan menarik untuk ditelusuri.
