PowerBLAST: Aplikasi BLAST Jaringan Baru untuk Analisis dan Anotasi Urutan Interaktif

Ditulis oleh: Nessa Aulia Jalapuspa Tambunan

PowerBLAST, sebuah aplikasi jaringan BLAST yang baru dikembangkan untuk mengatasi masalah yang dihadapi oleh antarmuka pencarian BLAST tradisional. Aplikasi ini mencakup berbagai fitur dan kemampuan untuk meningkatkan efisiensi, kepekaan, otomatisasi, dan konsistensi dalam analisis dan anotasi urutan.

PowerBLAST

PowerBLAST adalah sebuah aplikasi jaringan BLAST yang baru dikembangkan untuk analisis dan anotasi urutan secara interaktif atau otomatis. Aplikasi ini dirancang untuk mengatasi masalah yang dihadapi oleh antarmuka pencarian BLAST tradisional, seperti adanya elemen berulang dalam query, batasan memori untuk query yang panjang, keluaran yang kompleks dan redundan, definisi singkat pada urutan database yang cocok, dan kurangnya dukungan untuk penyesuaian dengan celah. 

PowerBLAST memiliki berbagai opsi untuk menyembunyikan elemen berulang dan suburutan dengan kompleksitas rendah. Aplikasi ini juga dapat membatasi pencarian pada tingkat indeks taksonomi NCBI, sehingga mendukung aplikasi "genomik perbandingan". PowerBLAST mampu memproses urutan dengan panjang apa pun karena membagi urutan query yang panjang menjadi fragmen yang tumpang tindih dan menggabungkan hasilnya setelah pencarian. Hasilnya dapat dilihat secara grafis, sebagai representasi teks, atau sebagai halaman HTML dengan tautan ke GenBank dan Entrez. 

Fitur yang dianotasi ditampilkan pada urutan query yang sejajar dalam output, sehingga memudahkan interpretasi. Fitur-fitur tersebut juga dapat digunakan untuk anotasi otomatis urutan baru karena output PowerBLAST dalam format ASN.1 dapat diimpor ke program Sequin NCBI untuk anotasi dan pengajuan urutan. PowerBLAST mampu menganalisis dan menganotasi query sepanjang 100 kb dalam waktu 60 menit di server BLAST NCBI.

PowerBLAST dan BLAST Tradisional

PowerBLAST merupakan pengembangan dari BLAST tradisional yang dirancang untuk mengatasi beberapa masalah yang dihadapi oleh antarmuka pencarian BLAST tradisional. Beberapa perbedaan antara PowerBLAST dan BLAST tradisional adalah kemampuan masking, PowerBLAST memiliki opsi untuk menyembunyikan elemen berulang dan suburutan dengan kompleksitas rendah dalam query. Hal ini membantu mengurangi hasil yang salah atau membingungkan. Dukungan untuk penyesuaian dengan celah, PowerBLAST dapat menghasilkan penyesuaian dengan celah yang optimal menggunakan serangkaian algoritma SIM. Hal ini memungkinkan identifikasi urutan yang cocok dengan lebih akurat, terutama ketika urutan query cocok dengan beberapa urutan database. 

Dukungan untuk anotasi otomatis, PowerBLAST menampilkan fitur-fitur yang dianotasi pada urutan query yang sejajar dalam output. Fitur-fitur ini dapat digunakan untuk anotasi otomatis urutan baru dengan menggunakan program Sequin NCBI. Kemampuan pemrosesan urutan yang panjang: PowerBLAST dapat memproses urutan dengan panjang apa pun karena membagi urutan query yang panjang menjadi fragmen yang tumpang tindih dan menggabungkan hasilnya setelah pencarian. Hal ini memungkinkan analisis dan anotasi urutan yang lebih efisien.

Dengan fitur-fitur ini, PowerBLAST diharapkan dapat meningkatkan kepekaan, spesifisitas, potensi otomatisasi, dan konsistensi dalam analisis dan anotasi urutan dibandingkan dengan BLAST tradisional. Namun, artikel ini tidak memberikan informasi rinci tentang perbandingan kinerja antara PowerBLAST dan BLAST tradisional dalam hal kecepatan atau akurasi.