Menurut legenda, Danau Tondano terbentuk karena kemarahan alam akibat letusan gunung yang dahsyat. Letusan ini terjadi karena sepasang manusia yang berlainan jenis melanggar larangan orang tua untuk menikah.
Menurut legenda lain, Danau Tondano terbentuk karena tanah longsor besar yang menenggelamkan tempat tinggal Tondano dan istrinya. Tanah longsor ini dipercaya terjadi akibat kemarahan para leluhur yang tidak menyetujui pernikahan mereka.