Dari segi transportasi rel, terdapat perubahan yang cukup banyak. Pertama, Trem Batavia diberhentikan pada 1959 untuk mengurangi macet dan tidak lama setelah itu, kereta rel listrik juga diberhentikan. Setelah kurang lebih 20 tahun, kereta listrik kembali dengan kereta listrik baru dari Jepang. Inilah awal dari regenerasi KRL di Indonesia. Dengan armada baru, KRL siap melayani populasi Jakarta yang sudah bertambah lebih dari dua kali lipat, tepatnya 4.5 juta jiwa. Dalam tahun-tahun ke depan, pemerintah Indonesia terus menerima dan membeli unit KRL dari pemerintahan mancanegara untuk memajukan industri KRL, terutama di Jakarta.
Era Reformasi
Setelah Orde Baru, pemerintah Reformasi mencari dan merancang rencana untuk mengembangkan transportasi umum yang dapat melayani kebutuhan 8.3 juta jiwa di Jakarta. Salah satunya yang berhasil adalah proyek Bus Rapid Transit yang direalisasikan dengan pembentukan Transjakarta. Pengoperasian Transjakarta dimulai pada 15 Januari 2004 dengan rute pertama dari Blok M sampai Jakarta Kota. Tidak lama setelah itu, koridor berikutnya diresmikan dan Transjakarta terhubung dengan seluruh wilayah Jakarta. Sebagai proyek BRT pertama di Asia Tenggara, kesuksesan Transjakarta menunjukkan bahwa sistem seperti ini dapat dilakukan dengan baik dan teratur.Â
Sementara itu, Kopaja dan Metromini dari zaman Orde Baru masih beroperasi. Akan tetapi, kualitas transportasi mereka sudah turun drastis. Kondisi bus sendiri sudah tidak baik, interiornya kotor dan tidak diatur sehingga sering ditemukan kaca bolong dan instrumen yang tidak berfungsi. Selain itu, petugas bus tersebut juga tidak menegaskan aturan mengenai jumlah penumpang dan akibatnya adalah banyak penumpang naik di atap ataupun gelantungan di pintu. Sudah jelas bahwa kedua mode transportasi ini tidak aman dan tidak layak digunakan oleh masyarakat lagi. Maka dari itu, pada 2015, hak pengoperasian Metromini dicabut dan empat tahun kemudian, hal yang sama terjadi pada Kopaja.
Peremajaan sistem sebelumnya juga dilakukan pada KRL yang pada 2008, dikendalikan oleh anak perusahaan PT KA, yaitu PT KAI Commuter Jabodetabek. Dengan direksi baru, KRL mengalami perubahan yang cukup drastis seperti modernisasi armada KRL, penataan ulang dan renovasi stasiun kereta, dan sistem tiket elektronik.Â
Di Era Reformasi ini, kami juga melihat adanya ide untuk membangun sistem MRT atau Mass Rapid Transit di Jakarta. Pada 2004, proyek Monorel Jakarta atau Jakarta Eco Transport sempat ramai dibahas dan bahkan sudah mulai proses pembangunan ketika salah satu perusahaan investor keluar dari proyek tersebut dan pendanaan menjadi tanda tanya. Akhirnya, setelah semua sengketa hukum selesai, proyek ini secara resmi dibatalakn pada 2015. Selain itu, terdapat juga proyek MRT yang direncanakan oleh pemerintahan Orde Baru.Â
Seluruh perencanaan sudah berjalan dengan lancar namun proyek tersebut gagal karena krisis ekonomi 1998 yang juga menandakan akhir dari Orde Baru. Akan tetapi, proyek MRT Jakarta tidak benar-benar mati dan pada 2005, MRT Jakarta ditetapkan sebagai proyek nasional oleh Presiden SBY. Pembangunan MRT dimulai pada 2013 dan secara resmi beroperasi pada 24 Maret 2019. Mass Rapid Transport Jakarta sekarang mampu mengangkut 1950 penumpang dari Bundaran HI ke Lebak Bulus. Untuk ke depannya, MRT direncanakan melintasi seluruh Jakarta, dari Barat ke Timur dan dari Utara ke Selatan.
Selain proyek MRT, terdapat juga proyek transit lainnya seperti LRT Jakarta yang resmi beroperasi pada 1 Desember 2019 dengan kapasitas 600 penumpang dan LRT Jabodetabek yang masih dalam proses pembangunan.
Modernisasi
