2. Kelemahan
Belum menjelaskan susunan muatan positif dan negatif yang terkandung di dalamnya.
3. Teori Atom Rutherford (1909)
Pada tahun 1909, posisi proton dalam suatu atom menjadi lebih jelas oleh karena dua orang mahasiswa di bawah bimbingan Ernest Rutherford melakukan suatu percobaan yang bernama Percobaan Hamburan Partikel α. Suatu partikel α yang bermuatan positif dari sumber radioaktif ditembakkan melalui keping logam emas (Au) yang sangat tipis, kemudian di belakang Au foil diletakkan layar fluresen untuk mendeteksi hamburan partikel α. Gejala yang diamati dari percobaan tersebut adalah sebagian besar berkas partikel α terdeteksi diteruskan menembus foil tipis Au yang disebabkan oleh tumbukan antara partikel α dengan partikel lain yang memiliki kerapatan tinggi dan bermuatan positif. Akibatnya, sebagian partikel  dibelokkan karena terdapat penolakan yang muatannya sama. Selain itu, sebagian terkecil dari partikel α dipantulkan kembali, sehingga menurut Rutherford gejala ini menunjukkan bahwa terdapat ruang kosong dari bagian atom yang terbesar.
Berdasarkan hasil percobaan tersebut, Rutherford pada tahun 1911 menyimpulkan bahwa:
1. Atom terdiri atas inti atom sebagai pusat atom yang bermuatan positif dan dikelilingi elektron yang bermuatan negatif.
2. Atom bersifat netral karena jumlah elektron dalam atom yang sama dengan jumlah proton di dalam inti atom dan sesuai dengan nomor atomnya.
3. Massa elektron sangat kecil dibandingkan massa inti atom sehingga massa atom terpusat pada intinya.
Teori atom Rutherford mengandung kelebihan dan kelemahan yang paling mendasar yakni sebagai berikut.
1. Kelebihan
Dapat menyusun hipotesa bahwa atom terdiri atas inti atom sebagai pusat atom yang bermuatan positif dan dikelilingi elektron yang bermuatan negatif.
