Setahun kemudian diangkat sebagai Kepala Jawatan Agama Karesidenan Madiun Jawa Timur.
Tahun 1951, KH Muslich mulai hijrah ke Jakarta dan turut menyusun Jawatan Urusan Agama Pusat dan kemudian dia diangkat menjadi Kepala Kantor Agama Sumatera Tengah, berkedudukan di Bukittingi.
Tidak lama kemudian diangkat menjadi Kepala Jawatan Agama Sumatera Utara di Medan hingga tiga tahun kemudian diangkat sebagai Kepala Jawatan Agama Jawa Tengah di Semarang.
Sesuai hasil pemilu 1955 KH Muslich terpilih sebagai anggota DPR namun masih merangkap sebagai pegawai tinggi di Kementerian Agama Jakarta.
Pensiun sebagai anggota DPR kembali ke Departemen Agama dan mendapat tugas untuk menata kembali kantor Departemen Agama Sumatera Tengah akibat meletusnya PRRI (1958).
Saat Komando Mandala pada masa Trikora (1961-1963), KH Muslich mendapat tugas menyusun Kantor Departemen Agama Provinsi Irian Barat yang sudah resmi menjadi wilayah Republik Indonesia.
Sebagai pejuang pergerakan, dia mengawali karier militernya dengan masuk lasykar Hizbullah di Purwokerto tahun 1944. Kemudian ia diangkat menjadi komandan pasukan lasykar Islam untuk Divisi Hizbullah Banyumas dengan anggota tidak kurang dari seribu orang.
Setelah kemerdekaan ia juga ikut mebentuk Barisan Keamanan Rakyat (BKR) daerah Banyumas dan Cilacap. Pada tahun 1947, Kapten Muslich diperbantukan di Markas Besar Pertempuran (MBP), Jawa Timur yang dipimpin oleh Mayjen Dr Moestopo.
Sebagai perwira penghubung untuk daerah Madiun dan Blitar, saat itu dia sudah menyandang Pangkat Mayor.
Ketika MBP Jawa Timur dilikuidasi dan dilebur ke dalam Divisi Brawidjaja dibawah pimpinan Kolonel Sungkono, dia ditempatkan di Kediri.
Tugas menjadi penghubung tentara dengan alim ulama dan umat Islam Jawa Timur.
Atas jasa-jasanya pangkatnya dinaikkan menjadi Letnan Kolonel dan kemudian ditempatkan di Divisi Diponegoro di Semarang.
