Hal lain yang bisa menjadi kendala FCV (Fuel Cell Vehicle) adalah harga jual yang tinggi. Pertama karena model tersebut masih impor dari Negara asal dengan pajak bea masuk yangg tinggi. Lalu, belum ada regulasi khusus untuk keringanan pajak mobil ramah lingkungan di Tanah Air. Sebagai contoh, Prius di Indonesia dijual dengan harga sekitar Rp 500 jutaan. Padahal secara produk mobil tersebut berada di segmen sama dengan Yaris.
Tantangan;
Salah  Satu tantangan adalah bagaimana mengemas mesin berbahan bakar hidrogen tersebut, pada sebuah mobil yang memiliki target performa di level tertentu,
Tantangan Produsen mobil ber bahan bakar hydrogen adalah  menargetkan bisa menjual  mobil berzero-emission di semua wilayah. Saat ini, Wilayah yang jadi sasaran khusus seperti, London, Paris, Los Angeles, dan Tokyo. Pemerintah daerah di kota tersebut, mulai memperkenalkan kontrol emisi yang ketat, yang mencakup pelarangan mesin konvensional diesel dan bensin dari pusat kota. Bahkan di London, Dukungan dana sebesar 11 juta poundsterling diguyur pemerintah setempat guna mendukung kendaraan hydrogen dengan subsidi Rp. 400jt/unit.
kebutuhan infrastruktur
jika hidrogen digunakan sebagai bahan bakar maka kebutuhan infrastruktur untuk pendistribusian hidrogen ke tempat penggunanya harus dibangun. atau bisa juga membangun tempat pengisian ulang bahan bakar beserta dengan pembangkitnya sekaligus. Inilah yang banyak dilakukan di sejumlah negara maju yang sudah mengaplikasikan hidrogen sebagai bahan bakar kendaraan.
Di banyak negara maju, teknologi fuel cell bukan barang baru lagi. Negara seperti Amerika Serikat (AS), Jepang, Jerman atau Inggris telah mengembangkan teknologi ini sejak lama. Di negara ini yang menjadi pemicu pemakaian hidrogen sebagai bahan bakar kendaraan adalah isu lingkungan dan konservasi energi. Mobil fuel cell berusaha memisahkan atom hidrogen menjadi proton dan elektron. Dengan memakai elektron sebagai arus listrik, digabungkan proton dengan oksigen dari udara, sehingga hasil sampingnya hanya uap air.
Untuk menghasilkan tenaga penggerak mobil diperlukan rangkaian yang terdiri dari beberapa stack fuel cell. Tetapi  berkendara di atas tangki hidrogen mampat amat tidak nyaman dibanding dengan di atas tangki bensin. Mobil hidrogen ini rata rata dapat menempuh jarak hampir 500 kilometer sebelum harus mengisi ulang bahan bakar selama 3 menit. Selain ada kendala di bidang kenyamanan, mobil hidrogen ini relatif mahal, yakni sekitar 60.000 dolar AS atau diatas 700jutaan, sumber dari beberapa pabrikan.
Hidrogen dianggap sebagai energi alternatif paling ideal karena hidrogen merupakan bahan universal dengan jumlah tak terbatas dan yang jelas ramah lingkungan.
Namun bagaimana dengan kebijakan pemerintah sendiri?
Sebagai contoh di korea, pabrikan Hyundai akan menjaga harga SUV barunya tersebut di angka 60 juta won atau Rp 672,7 juta, dan berharap konsumen dapat membeli kurang dari 40 juta won atau Rp  448,5 juta, dengan bantuan subsidi pemerintah untuk kendaraan ramah lingkungan. Bagaimana di Indonesia?
